1931年戚本禹出生于上海,从小学到高中时期一直留在上海,在1949年加入中国共产党。入党不久被选入中南海做机要工作。 1958年3月,中共中央机关开始整风运动,林克、戚本禹等八个年轻干部向上级反映中央政治秘书室存在的一些问题,引起了当时中央办公厅和中央政治秘书室领导人的不满。因当时反右运动已经明朗化,他们借反右运动对这八个年轻干部进行批判,称他们“反党”。毛泽东得知此事,用唐朝“八司马事件”的故事解救了戚本禹等八人。 1962年毛泽东在中南海散步时偶遇戚本禹,戚本禹向毛泽东直言了自己新近受到的冤枉,毛泽东随即让秘书田家英进行调查。戚本禹得知道毛泽东爱读史书,就开始关注历史书籍。
1965年12月8日在《红旗》杂志第十三期发表发表《为革命而研究历史》,批评翦伯赞提出的既要重视阶级观点又要注意历史主义的意见,是“超阶级”、“纯客观”的资产阶级观点。受到毛泽东称赞:“现在的权威是谁?是姚文元、戚本禹、尹达……要年纪小的、学问少的、立场稳的、有政治经验的坚定的人来接班。”戚本禹关于太平天国李秀成的论文“忠王不忠”,也受到毛泽东的高度赞誉,并且引起当时史学界的相当重视。
1966年后任中央文革小组成员、中央办公厅秘书局副局长、《红旗》杂志副总编辑、中共中央办公厅代主任。文革发起初期,由于田家英在一些观点上与毛泽东相左,遭到罢免,戚本禹取而代之,成为毛泽东、江青的秘书。1966年5月4日至26日,为了全面发动“文化大革命”,中共中央政治局扩大会议根据毛泽东的指示起草了《五一六通知》,戚本禹是起草人之一。1966年第7期《红旗》杂志发表《评〈前线〉、〈北京日报〉的资产阶级立场》。5月28日,中共中央发出了关于设立中央文化革命小组的通知,戚本禹成为中央文化革命小组的成员之一,名列穆欣、姚文元之前。
1967年3月30日《红旗》杂志第5期发表《爱国主义还是卖国主义?——评历史影片〈清宫秘史〉》。4月1日,《人民日报》予以全文刊登。从此为针对“党内最大的一小撮走资派”和“反革命修正主义路线”的“革命大批判”定下了基调。 1967年4月14日,宣布遇罗克所写《出身论》是大毒草,并致其最终于1970年3月5日被宣判死刑。 1967年7月20日,七二零事件发生。周恩来开始向毛泽东进言解决“王力、关锋、戚本禹”的问题。戚本禹为求自保,将责任推到了王力、关锋甚至是江青等人身上,江青、陈伯达、康生等给“王、关、戚”扣上了“变色龙”、“小爬虫”的帽子,也不允许戚本禹单独逃脱。
在被毛泽东批示为“坏人”和“小爬虫”后,1968年1月14日,戚本禹被中央宣布“请假检讨”,直接被送到了秦城监狱。他是中央文革小组“小三”王、关、戚中最后被隔离审查的。 1980年7月14日被北京市公安局依法逮捕。1983年11月2日北京市中级人民法院以反革命宣传煽动罪、诬告陷害罪、聚众打砸抢罪判处有期徒刑18年,剥夺政治权利4年。
1986年出狱后在上海图书馆收藏部当图书管理员,至1990年代初退休。育有二子一女。再婚后与妻子居住在上海浦东。与人合作的《大人物的变态心理》由吉林省时代文艺出版社出版后,曾引起一阵风波(因疏漏在版权页署上了他的名字)。曾与人主编了二百余万字九大卷《中华易学大辞典》,并研究中华民国第一任内阁总理唐绍仪,为真禅法师等人的著书作序。退休后除继续钻研学问、应邀讲学外,曾涉足商海,对金融和银行特别有兴趣。
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