学人对宇宙器世间及六道众生存在之种种现象、差别叹为观止的同时，不禁会问：“三界众生及器世间都是哪里来的？”“难道真的有一个造物主？”依佛教的教理来说，三界里的一切——器世间及众生，都是由“心”——“识”变现出来的，乃至解脱成佛也是“心”、“识”的作用，这就是佛教最上也是最根本的教理——“三界唯心”、“万法唯识”。如佛教根本经典《华严经》（八十卷本）卷十九载，觉林菩萨承佛威力，遍观十方，而说颂言：
“心如工画师，能画诸世间；五蕴悉从生，无法而不造；如心佛亦尔，如佛众生然。……若人欲了知，三世一切佛，应观法界性，一切唯心造。”
佛教所说之能造三界的“心”、“识”不是一般人所感受到的那个有见闻觉知、能思考、能作主的心——意识、末那识，而是“本心”“根本识”——不生不灭、能生万法之第八识阿赖耶识（异熟识）。
本心阿赖耶识能变现出四大极微，复能执持四大极微，使之积聚成宇宙器世间及有情的色身。有情有了色身，接触外境，根尘相触，阿赖耶识又能生出有情的见闻觉知心——识蕴的六识，来了知各种境界，故云“三界唯心造”。
一、心
所谓的“心”，是指精神活动的主体。先哲孟子谓“耳目之官不思，而蔽于物。物交物，则引之而已矣。‘心’之官则思，思则得之，不思则不得也”（《孟子》之<</SPAN>告子上>）。孟子认为耳目是不会思考的，“心”才是思维活动的器官（古人所说的“心”，与今人所说的心脏是两个概念）。现代医学认为大脑是产生情感、思维、认知等等心理活动的主体，孟子和现代医学都没有揭示出心理活动的真相。
佛教所说的“心”，也称之为“识”，是指“八识心王”。佛教将人的“一心”分为八个“识”：一者眼识，二者耳识，三者鼻识，四者舌识，五者身识（前面这五个识简称前五识），六者意识（第六识），七者末那识（第七识），八者阿赖耶识（第八识），称为“八识心王”。
八识心王的每一个识既有自己独立的功用，又和合运作，是一个整体。譬如，眼识了别色彩，耳识了别音声，鼻识了别气味，舌识了别滋味，身识了别的是和身体接触物的冷热粗滑软硬以及身体的状态等，意识能结合前五识作更深入的了别，也能单独了别法尘等，这六个识也称为识蕴。识蕴的六识仅仅是了别各种境界而不作主，处处作主的是第七识末那识。识蕴的六识以及第七识末那识都是阿赖耶识所生，因此，也将六识及末那识合称为七转识，如《成唯识论》卷四引经典所云：
“阿赖耶为依，故有末那（识）转，依止心（第八识阿赖耶识）及意（第七识意根末那识），余转识（六识）得生。”
八识心王中，最重要的就是第八识阿赖耶识。梵语“阿赖耶”意译为“藏”，阿赖耶识能集藏一切染净诸法的种子，故亦称“藏识”。依第八识不同的功用，还为第八识立了不同的名称，譬如也称“如来藏、异熟识、阿陀那识、心、所知依”等等。一切众生都有第八识阿赖耶识，此识无形无色，本来而有，不生不灭，虽然能集藏一切法的种子，能生万法，却又自体清净，离见闻觉知，不分别六尘却又能了众生心行，随缘应物却不作主。阿赖耶识又是无我性的，是出世间的法。故《大乘密严经》（地婆诃罗译，下同）卷中，金刚藏菩萨摩诃萨复告大众言：
“一切众生（各自的）阿赖耶识，（都是）本来而有（的法），（此阿赖耶识）圆满清净，出过于世，同于涅槃。”
第八识阿赖耶识具有不生不灭能生万法的体性与作用，是一切众生的根本心。藏识并非是虚构出来的一个名词概念，而是客观存在的法，是真实可证的法，如《大乘密严经》卷下，金刚藏菩萨摩诃萨复告众言：
“阿赖耶识亦复如是，是诸如来清净种性，于凡夫位恒被杂染。菩萨证已，断诸习气，乃至成佛，常所宝持（阿赖耶识的心体）。”
然藏识的心行非常微细，极难体证，需要具备正知见，参禅破参的当下才能实证。实证根本心——第八识阿赖耶识（如来藏）就是禅宗的开悟明心。佛教以外的人都不曾听说过阿赖耶识的名词，更不要说去实证祂、去体验祂的运作了。
通常人们感觉到的“心”只有一个，也就是见闻觉知、能分析思考的心，称为意识。意识具有一种功能——证自证分，能反观自身的存在，狭义来说，第七识末那识与第八识阿赖耶识都没有证自证分，故在人熟睡无梦的时候，末那识、阿赖耶识虽然仍在运作，却感觉不到自我的存在。
心并非如人们通常所感觉到的只有一个，西方的心理学家在对接受心理治疗者催眠时发现，病人被催眠后，会产生与其清醒时完全不同的思维、情感、行为、记忆，而且当其清醒以后，会完全忘记被催眠时所发生的一切。譬如歇斯底里症患者清醒时不愿意说出心灵的创伤，当他被催眠后，就很容易说出自己的坎坷经历，过后也记不得自己被催眠时所说的话。心理学家由此观察到人的“心”除了自我能感觉到的意识之外，还隐藏着另外一个其本人也不曾觉察到的“心”在发挥着巨大作用，心理学家称之为“潜意识”，并认为人“心”就像一座冰山，意识仅仅是浮在海面上的一角，海面下的那巨大的冰体就是潜意识，是潜意识决定了人们的思想、观念、行为等等。因此，心理学就谈到了两个识——意识、潜意识（心理学所说意识的内涵有别于佛教）。佛教对“心”“识”的认知远超过当代心理学，而揭示了“心”“识”的本质。
第八识阿赖耶识能生万法，那么藏识是心，心体无形无色，如何能变生出物质——众生的色身与器世间的呢？
二、四大种与极微
物质属于佛教所说的色法，是由四大种组成的。四大种是指组成物质的四种基本元素，即“地、火、水、风大种”，其中地大种是指物质中具有坚硬性质的元素，有保持作用；水大种是物质中的湿润元素，有摄集作用；火大种是指物质中的温热元素，有成熟作用；风大种是指物质中的动态元素，有生长作用。譬如人体的毛发爪牙皮骨筋肉等是地大；唾涕脓血，痰泪便尿等是水大；体温是火大；呼吸是风大。四大种并非独立作用，而是相互含摄。譬如人体的血液虽以水大为主，但仍然有质感（地大）、温度（火大）以及流动性（风大）。人类的饮食、消化等生理活动，其实就是吸取食物中的四大种，用以满足自身所需的过程。人体的许多病变，也是由四大不调造成的，譬如火大偏盛，人体就会生病发热。
四大种是藏识所藏四大种之种子所发之现行，非物质自身固有之性质与作用。四大种遍于一切所造色，又为一切所造色之所依，故佛教将宇宙器世间、有情的色身等也称为四大所造色。
佛教发现构成物质的最小粒子为极微。极微旧译邻虚尘，物质的长短、方圆、大小等即是极微积聚所呈现的状态。极微不可再分，若再分下去就是“无”，就是“虚空”了。极微的“大小”，如《俱舍论》卷十二载：
“谓七极微为一微量（微尘），积微至七为一金尘，积七金尘为水尘量，水尘积至七为一兔毛尘，积七兔毛尘为羊毛尘量，积羊毛尘七为一牛毛尘，积七牛毛尘为隙游尘量，隙尘七为虮，七虮为一虱，七虱为穬麦，七麦为指节，三节为一指，世所极成。”
现代科学研究认为：物质是由分子（离子）构成的，分子是由原子构成的，原子是由原子核和电子构成的，原子核是由质子、中子构成的，质子和中子是由夸克构成的，等等。研究基本粒子的物理学者又进一步推论，物质世界的最小粒子是普子，普子小到无法通过物理手段检测，是实际存在的“虚物”。目前科学研究、推论出的最小粒子——夸克、普子等，与佛教所说的极微并不等同，即使将来科学进一步发现更细小的粒子，也不是佛教所说的极微。极微涉及到虚空，涉及到“心”（第八识阿赖耶识）与物质的互相关系，并非仅仅是物质问题。微尘（七倍于极微）是天人天眼所见的最小微粒，也是未来科学研究最小粒子的终极目标，但是难以实现，因为欲界人类的科学认知无法达到天人的水平。
极微是依色的极量边际所假立的名称，色法并非由极微所聚合,而是由四大聚合所成的，四大是众生的第八识共同变现出来的，并由第八识所执持，以形成色法——宇宙器世间、有情色身等。无形无色的第八识心能变生出物质，此理亦复难解，故需要举例说明。譬如科学研究发现物质与能量之间可以相互转换，原子弹爆炸就是物质转化为能量的过程，无形无色的能量也能转化为基本粒子，再组成有形的物质。四大的极微类似于这种能转化为物质的“能量”，但是四大极微不是自然而有的，而是由本心第八识所变现的，是以四大极微不能外于自心藏识而存在，故《大智度论》卷三十六，龙树菩萨言：
“是微尘有大有中有小，大者游尘可见，中者（微尘）诸天所见，小者（极微）上圣人天眼所见，慧眼观之则无所见，所以者何？性实无故。”
有人认为生命完全是依物质聚合而有，若物质分离，生命即坏，并无不灭的精神体往来三世，故物质就是生命之真相，这是古印度顺世论外道的观点，后来演化为唯物论。
三、三界唯心
本心第八识虽然无形无色，然能摄持物质，譬如磁铁所生之引力，无形无色，却能吸引铁块。阿赖耶识具有一种功能——大种性自性，法尔如是能“团聚”四大极微成器世间及众生之色身。“心”能造物的原理，如《楞伽经》（四卷本）卷二，佛言：
“大慧！彼四大种、云何生造色？谓津润妄想大种，生内外水界；堪能炎盛妄想大种，生内外火界；飘动妄想大种，生内外风界；断截色妄想大种，生内外地界；色及虚空俱，计著邪谛，五阴集聚四大造色生。”
所谓内界是指众生的色身，外界是指供众生所生活的器世间。
第八识阿赖耶识住于受精卵中，执持受精卵成长为胎儿。由藏识中含藏“断截色妄想大种”，藏识能将母体血液中的营养物质（四大种）变生为胎儿自身的筋骨肉等内地界；由胎儿的藏识中含藏“津润妄想大种”，藏识能藉母体所提供的营养，变生出胎儿的体液等内水界；由胎儿的藏识中含藏“堪能炎盛妄想大种”，藏识能变生出胎儿的内火界，以保持体温；由藏识中含藏“飘动妄想大种”，藏识能变生出胎儿的内风界，令五脏六腑运行。等胎儿渐渐长大，眼、耳、鼻、舌成就，六根具足，根尘相触，藏识就会生出六识的见闻觉知心，来了知外境（其原理详见第二章第二节）。因此，有情的色身——不论天人之高大色身，还是病毒之微小色身，以及他们的见闻觉知心，都是有情的藏识藉缘所生。
内界（色身）如是由藏识所造，众生所居之外界（器世间）亦复如是由藏识所造。以共业众生之藏识中有“断截色妄想大种”，故于虚空中团聚微尘以形成星球、大地、山石等；以共业众生藏识中有“津润妄想大种”，故山河大地有种种水生，滋润草木；由共业众生藏识中有“堪能炎盛妄想大种”，故有种种可燃物；由共业众生藏识中有“飘动妄想大种”，故有气流流动，器世间由此形成。当坏劫来临，器世间碎如微尘，散于虚空。等到成劫之时，造有共业众生之藏识又会将微尘再次团聚为新的器世间。如此世界成了又坏，坏了又成，周而复始，皆是藏识之作用。
藏识具有能造有情色身与器世间的功能， 故《成唯识论》卷二云：
“阿赖耶识因缘力故，自体生时，内变为种及有根身，外变为器。即以所变为自所缘，行相仗之而得起故。”
无形物（藏识）能变造有形物（三界器世间及有情色身），譬如电脑的硬盘（藏识）能储存无形无色的数据（万法的种子），数据经过处理转换，显示器上就有山河大地、人畜草木等图像（器世间及有情色身）。藏识造物的原理与此类似，然此理迥异于人们的认知习惯，极难理解与接受。
有人会问：地球是共业众生的藏识所造，那么地球的哪一部分才是自己的藏识所造？器世间的形成是由共业众生之藏识共同作用的结果，很难确认哪一部分才是自己的藏识所造。对此《成唯识论》卷二有一个形象的比喻，譬如无数盏明灯同时照耀一个房间，很难说房间的某一处一定是由哪一盏灯照亮的。
又有人问：既然众生和器世间都是藏识所造，为什么藏识所造的色身以及器世间有优有劣？这是因为藏识在造众生和器世间时，所依据的是藏识中所集藏的善恶业的业种。当藏识中所集藏的善业种子势力大的时候，所造的色身和器世间就殊胜，反之则丑陋。是故共业众生所造的善恶业，会影响器世间的现况。《佛说业报差别经》言：“若有众生，于十不善业多修习故，感诸外物，悉不具足：一者，以杀业故，令诸外报，大地碱卤，药草无力；二者，以盗业故，感外霜、雹、螽、蝗虫等，令世饥馑；三者，邪淫业故，感恶风雨，及诸尘埃；四者，妄语业故，感生外物，皆悉臭秽；五者，两舌业故，感外大地，高下不平，峻崖险谷，株杌槎菜；六者，恶口业故，感生外报，瓦石沙砾，粗涩恶物，不可触近；七者，绮语业故，感生外报，令草木稠林，枝条棘刺；八者，以贪业故，感生外报，令诸苗稼，子实微细；九者，以瞋业故，感生外报，令诸树木，果实苦涩；十者，以邪见业故，感生外报，苗稼不实，收获鲜少。以是十业，得外恶报。”反过来，如果大家都能去恶修善，那么整个世界将会变得风调雨顺，景色宜人，此即是“心净则国土净”的道理。我国古代阴阳家提出“天人合一”、“人天感应”的主张，有一定的道理，但是他们无法了知这些现象背后的原理。如果藏识可以脱离内部的“业种”而“随心所欲”地造物，那么所造之物要么十全十美，要么杂乱无章，毫无规律可言。
关于地球生命的起源（佛教并不认为生命是有起源的，详见第一章第一节之“无始劫”部分），当今科学界占主导地位的是进化论的观点。进化论认为：原始地球上的氢气、氨气、甲烷和水蒸气等在闪电的作用下发生化学反应，产生氨基酸、核苷酸等有机小分子物质；有机小分子物质再经聚合形成蛋白质、核酸等大分子物质；大分子物质又组成多分子体系，逐渐演化为单细胞生物；单细胞生物进化为无脊椎动物，再进化到脊椎动物，经由鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、哺乳类，直到由古猿进化到人类。其实“进化论”只是一种假说，其理论与事实出入太大，论证模棱两可，结论也无法重复，到二十世纪后半叶，随着细胞研究成果的突飞猛进，进化论越来越受到科学界的质疑。
单细胞生物是人类所知的最简单、最微小的生命形态，如细菌。一小滴培养液可以培养数亿细菌。起初，人们以为细胞只是一小团浆糊状的物质，并不复杂。随着科技的进步，科学家发现细胞的复杂程度是进化论的创始人——达尔文所无法想象的。譬如将细菌的鞭毛（细菌的运动器官）放大到５万倍时，就看到细菌的鞭毛是由各种精密的部件——推进器、钩状区、传动轴等组合而成的驱动系统。尽管鞭毛的分子驱动机以高速度旋转，但是能立即制动并做反方向转动。细菌的鞭毛是由40多种蛋白分子组成的精密“仪器”，去掉其中的任何一个部件，整个系统就会失去功能。如此复杂的系统只能是被“设计”出来的，而非蛋白质自动聚合而成。
如果细菌的鞭毛是进化来的，那么在进化出完整的鞭毛之前，半成品的鞭毛就是毫无用处的“累赘”。按进化论的观点，物种在进化过程中，随机的遗传与变异，只有在有利于有机体生存时，自然选择才可以成功；因此，这个毫无用处的半成品鞭毛，在进化时就不会被自然选择所保留并遗传给下一代。是以达尔文本人亦发觉进化论的缺陷，
他说：“确有某种复杂的器官是不可能经由无数渐进且微小的变异而形成，那我的理论就会彻底崩溃。”
即使是最简单的细胞也是由数千种不同类型的蛋白分子构成的，蛋白质分子不可能自行随意拼装成复杂的生命体。单细胞生物尚且如此，何况是复杂的人体。如果蛋白质可以自行组成如此复杂的人体系统，那么将各种金属混在一起，只要时间足够长，这些金属就可以自动“进化”成为一台计算机了。
由于进化论解释不了第一个细胞产生的原因，也解释不了地球生物突然出现的多样性与复杂性。故1993年加州大学柏克利分校的詹腓力教授邀请了一批科学家、哲学家共同探讨生命起源的问题。他们认为，生命与非生命物质之间有不可逾越的鸿沟，生命并非起源于一次偶然的化学变化，生命是被某种有智慧的“东西”设计创造出来的，并因此提出了“智慧设计论”。这次聚会被做成视频——《智慧设计论——揭开生命的奥秘》，内容很震撼人心。与会的生物学家尼尔逊说：“当我看到这些分子机器以及细胞分裂这个难以置信的复杂过程，我想问的是：‘在这些事物后面是否有一种智慧？这些结构是否有计划、有目的？’科学应当寻求世界的真相。我们不该有偏见，不能说因为我们不喜欢这种解释（智慧设计论），就把它弃置一旁。”
佛教实证：每一个有灵性的生命，大到鲸鱼，小到细菌，的确是被一个拥有智慧的“东西”严格地按照内在的逻辑制造出来的，这个“东西”就是它们各自的第八识阿赖耶识，而非其他。西方的生物学家经观察推导出生命不可能是由化学变化合成的，而是由独立于物质和能量的“第三种实体”——“信息体”以智慧设计出来的。譬如西方科学家斯蒂芬·梅尔说：
“在十九世纪，科学家相信只有两种实体——物质和能量，但是当我们进入21世纪的时候，科学界普遍认同还有第三种实体的存在，那就是信息。因此，当我们面临生物信息的时代，一种猜疑正在兴起，也就是我们在DNA分子中所看到的，实际上它是一种思想意志、一种智慧的产物，它也只能用智慧设计论来作解释。”
其实，斯蒂芬· 梅尔所谓的独立于物质和能量的“第三种实体”——“信息体”，就是佛教所说的集藏一切信息的第八识阿赖耶识。由于科学家没有关于第八识的知见，第八识也无法用科学仪器检测到（只能以悟的方式一念相应到），故斯蒂芬· 梅尔等科学家不知道，更无法找到第八识这个“信息体”。是以他们虽然放弃了进化论，难免会落入臆想，或者重新投入“上帝创造万物”的神创论的怀抱中。
生命不可能是上帝创造出来的，若承认神创论，则会衍生出无量的过失。譬如：生命若是由上帝创造的，那么上帝无慈无悲，让所造的众生受诸苦难；若上帝是纯善无恶的，善只能生善，又怎么会造出邪恶；若众生是上帝所造，则众生都附属于上帝所有，那么众生所造的恶业，也归于上帝，应当由上帝受诸恶果……是以万物决定不是上帝创造出来的。一神教的信众因为不明“三界唯心造”的道理，无法参透生命的奥秘，故将自心藏识所具有的功能作用，推给了上帝。