核武大国不可轻言战！ 特别是不可因一点小事而开战！在媒体 民众 军方 喊打时，更是考验国家领导人的智慧！和为贵！ 面子也要保全！无伤大局的妥协也是必要的！
尾声
潜伏在苏军总参谋部的双重间谍奥列格·潘科夫斯基上校（Oleg Penkovsky）向西方透露了“阿纳德尔”行动计划，对肯尼迪的决策起了决定作用，因他避免了一场世界性核大战，而其本人也因此被克格勃逮捕并被枪决。相对而言，B59大副瓦西里·阿尔希波夫是扑灭了走火的导火索，而教宗若望二十三世和天主教则是协调了双方最高层的直接对话。
在10月14日U2发现炫耀存在的SS4阵地之前，肯尼迪不认为苏联会在古巴部署进攻型核武器。甚至在10月13日，肯尼迪去印第安纳州拉票时，仍认为是有人故意危言耸听，痛骂有人“自封为将军，想把别人的儿子送上战场。”
10月14日U2于古巴天气转晴后出动侦查的结果令情势急转，而此时肯尼迪对赫鲁晓夫的意图和苏军在古巴的具体部署仍是知之甚少。军方热烈地讨论是封港还是武力入侵，公众媒体则热衷于准备和苏联打一场核战，此间潘科夫斯基上校透露了“阿纳德尔”行动计划，使肯尼迪意识到封港已为时过晚；而苏联已将其现有核武库的相当一部分搬到古巴，使武力入侵也无异于政治上和军事上的自杀；而苏联若在加勒比海或古巴本土使用战术核武器抵御美国的军事入侵，即便其仍克制不使用中程导弹攻击美国城市，美方也会向古巴发动核攻击，必将引发双方的全面核战。于是肯尼迪把军方和公众媒体排斥在外与赫鲁晓夫直接达成以下协议：
赫鲁晓夫得到肯尼迪的以上回应后大喜过望，鉴于当时的紧张局势，担心节外生枝，在通过加密途径回复肯尼迪的同时，令莫斯科广播电台广播宣布从古巴撤出导弹，这竟比加密途径更早知会肯尼迪本人。同时赫鲁晓夫令已突破500海里封锁圈抵达古巴近海，正成为双方军方焦点的“鄂木斯克号”立即掉头返航，并下令揭开甲板上摆放的SS4储存箱上的帆布，任由美方拍照，明示正在撤出导弹。
赫鲁晓夫的举动，使尚不知“阿纳德尔”行动计划和肯尼迪与赫鲁晓夫秘密协议的公众媒体兴奋了一阵，以为赫鲁晓夫在美方的武力入侵古巴计划面前退缩。而事实上肯尼迪避开大多数执行委员会成员独自决定秘密作出战略退让，使赫鲁晓夫达成了预期的战略目的。
当时美国核弹头数量为苏联7倍，北约各国总和为苏联9倍，美国在载具上也对苏联有很大优势。美国在意大利和土耳其部署中程导弹是基于北约优势核武库背景对苏联的公开战略性核威慑，而赫鲁晓夫以仅及北约总合1/9的核力量瓦解了此威慑，令北约意识到已无法对苏联单方面威慑。事情并未就此圆满谢幕，肯尼迪避开军方与赫鲁晓夫达成协议的独裁举动引起军方不满；美国先是鼓动古巴流亡者武装对抗卡斯特罗，在流亡军大量伤亡后，此时又保证不入侵古巴使古巴流亡者认为受到出卖。这两者在1年后的肯尼迪遇刺事件中成为首要的怀疑目标。美苏的相互核威慑也未自此缓和，赫鲁晓夫随后以“生产香肠”的方式造导弹，将苏美核竞赛又推向新高，直至80年代双方都发现无法取得绝对优势而签订中导条约并开始核裁军。
古巴危机尤其强调了冷战中两个超级大国之间爆发核战争的危险。古巴危机后两国均开始考虑如何避免类似的危机，尤其是改革交流层面，因为没有适当的外交机关沟通，必须大费周章借由第三国的场地派遣使节团多次商谈，为免讯息拖延导致误判局势而战争爆发，此后，在华盛顿和莫斯科之间建立了美苏热线，这样可以在紧急情况下立刻进行双边首脑谈判来避免危机升级。以色列与埃及、约旦和叙利亚之间的第三次中东战争爆发后不久，1967年6月5日美苏两国第一次使用热线。后来，两国在冷战中还数次使用过热线。