由多民族构成的满洲国军身为傀儡政权之军队，实质上受关东军支配。对此感到不满的军人也相当多，诺门罕战役时石兰支队步兵第14团第1营便发起叛变，苏日战争时也有少量部队投降苏联。
1945年8月18日随着日本二战投降，也发表了溥仪退位诏书，满洲国灭亡，满洲国军被苏联红军缴械后正式解散。满洲国军的高级指挥官主要由苏联俘获。后引渡至中华民国的战犯收容所。除了在关内对冀热辽抗日根据地作战的伪满铁石部队外，伪满军基本被苏军击溃或自行溃散了。国共两军所收编的，多是在溃局之中产生的地方武装，其中有伪满军官拉起来的队伍，也有逃入山林的伪满警察。至于成建制的伪满军，恐怕只有铁石部队改编的那几支罢了。例如吉林的四个保安团，一个是吉林警察总队改编的，一个是吉林警察总队加新募青年，另两个全是招募青年。
很多满洲国军人（包括部分日本人）为当时的国军所歧视，认为他们曾接受“奴化教育”，因此他们转而投奔当时正在扩充力量的东北民主联军。另有部分成员加入国民革命军。满洲国空军和海军，包括其骨干日籍军官则参加东北民主联军并负责海军和空军的扩编。