近代以来的世界殖民主义经历了产生、发展、兴盛、衰落与瓦解的历史进程，西方殖民主义在东南亚的活动也大体上经历了这一进程，不过因具体条件不同，东南亚的殖民主义史带有某些地区性特点。
1415年葡萄牙人占领北非摩洛哥的休达地区，建立了第一个殖民据点，可视为非洲殖民地化的起点，也是近代殖民史的开端。1492年奉命于西班牙国王的哥伦布在西印度群岛的登陆，是拉丁美洲殖民地化的起始。因而15世纪是近代殖民主义历史开篇的世纪。由于地理的原因，西方殖民主义到达东南亚的时间要比非洲和拉丁美洲晚一些年。如前所述，直到16世纪初叶葡萄牙人攻占马六甲王国时，东南亚才开始殖民地化的历史进程。 正如霍尔所指出的， “亚洲感觉到欧洲人统治的威胁是从1511年（马六甲被占）开始的”。（注：（英）D·G·E·霍尔.东南亚史（下册）[M].商务印书馆，1982，822.）因而，东南亚的殖民地化起始时间比非洲大约晚100年，比拉丁美洲也要晚10多年。
东南亚殖民主义史的发展和兴衰可以分为以下几个阶段：
（一）16世纪初至18世纪末，是殖民主义在东南亚的早期活动阶段。这时，西方资本主义发展尚处于资本原始积累时期，其殖民活动是以商业资本为基础的。这是商业殖民主义时期，殖民国家普遍奉行重商主义政策。
第一批到达东南亚的西方殖民者是葡萄牙人和西班牙人，接踵而至的是荷兰、英国和法国。在近代殖民史上，1500—1600年是葡萄牙和西班牙这两个伊比利亚半岛国家对外殖民侵略为主的时期，因而被称为殖民历史的“伊比利亚阶段”。（注：（美）斯塔夫里阿诺斯.全球通史，1500年以后的世界[M].上海社会科学出版社，1992 （中文版），123.）葡、西两国均是中央集权的封建专制国家， 商业资产阶级力量薄弱，无力单独组织对外殖民事业，因而两国的海外探险与殖民活动主要是由国家、王室政府出面组织和推动的。
这一时期的殖民掠夺政策是以最残酷的暴力为基础的。葡、西两国的殖民活动以武力征服为主要手段，掠夺金银财富，屠杀土著居民，争夺对香料产地的控制和垄断海上贸易，是他们在东南亚殖民活动的基本内容。封建王室直接控制殖民远航，垄断商业贸易和对殖民领地的统治。贵族、商人、教士在殖民征服中三位一体，互相结合，而贵族起着主导作用。在葡、西两国的殖民领地中，按照宗主国的统治模式，建立的是以总督为首的政教合一的殖民专制统治体制。
殖民掠夺给它们带来巨额的财富，葡萄牙、西班牙的宫廷一时成为欧洲巨富。但西、葡从亚非拉国家（包括东南亚）所掠夺的大量财富，并未转化为本国的资本，用来发展其资本主义工业，而是花费在王室、贵族们的奢侈享受上面，相反却在荷、英等西欧国家转化为资本。随着西、葡的衰落，从它们的海外掠夺中得到实惠的荷兰、英国却日益发展。1588年西班牙“无敌舰队”的覆灭，宣告西班牙海上霸权的丧失，荷、英、法的殖民势力迅速崛起。
16世纪末，荷兰发生尼德兰革命，摆脱西班牙的控制获得独立。17世纪的荷兰成为“当时标准的资本主义国家”。1640年英国资产阶级革命胜利，迅速走上资本主义发展道路。两国商业资本发达，商业资产阶级力量壮大，因而，荷、英的殖民活动方式与殖民政策具有不同于葡、西的特征。
在国家支持下，主要由商业资产阶级组织的殖民贸易公司是这一时期的主要殖民工具。1600年、1602年、1605年，英、荷、法三国先后成立东印度公司。这些公司通常从本国国会和政府获得宣战、缔约、征服和统治殖民地等大权。荷兰联合东印度公司和英国东印度公司在东南亚的殖民活动中起了重要的作用。并且为宗主国资本主义工业的发展，在资本的原始积累过程中发挥了巨大作用。
16—18世纪的早期殖民时期，西方殖民活动主要是在东南亚国家沿海地区建立商馆和兵站，除西班牙人开始进入菲律宾北、中部的岛屿内陆外，其他殖民国家的势力均未深入东南亚国家的腹地。它们所建立的殖民地仅具有商业殖民地性质，并且主要限于东南亚海岛地区。东南亚大多数国家，包括马来半岛、北婆罗洲和中南半岛上的诸封建国家在政治上仍保持独立，以商业贸易公司为代表的殖民势力，虽在海岛地区广泛开展了掠夺性的贸易活动，其重点在控制贸易和航路，并在条件许可的情况下从事领土兼并与政治控制以及赋税榨取，但其影响和活动的领域仍是相当有限的。到18世纪末，随着工业革命的开展，工业资产阶级兴起，并超过了商业资产阶级的力量。商业资产阶级为主体的贸易特许公司衰落，早期殖民时期结束。1800年荷兰东印度公司的被解散，标志着东南亚早期殖民主义、即商业资本殖民主义阶段的基本结束。
（二）19世纪初至1870年代是东南亚殖民主义发展史的第二阶段。这时工业革命首先在英国，而后在法、美、德等西方国家相继完成。近代工业建立，世界资本主义发展到自由贸易和竞争了的阶段，商品输出为其主要特征。这是工业资本或自由贸易的殖民主义时期，工业资产阶级日益取代商业资产阶级成为剥削和奴役殖民地的主要力量。国家政权取代贸易垄断公司的位置，成为殖民侵略和扩张的直接组织者。重商主义政策已被自由竞争的经济政策所取代。
在这一时期，英法取代了葡、西、荷成为主要的殖民国家。率先完成工业革命的英国，利用其经济上的优势，并通过一系列海上争霸的战争，击败了荷兰和法国，登上海上霸主的宝座，成为“日不落”的头号殖民帝国。以1811—1816年英国统治爪哇、1819年英国占领新加坡、1824年第一次英缅战争爆发和1826年海峡殖民地建立等历史事件为标志，东南亚殖民主义史揭开了新的一页。与前一个时期不同，欧洲殖民国家进入领土扩张时期。它们通过殖民征服战争和政治欺骗等手段，其势力开始进入东南亚国家内地。不仅海岛地区，而且中南半岛上的封建王国也已遭到殖民侵略的严重威胁，东南亚国家经济上成为了西方殖民列强的商业市场、原料产地，政治上的独立和主权日益丧失。
19世纪是东南亚殖民地化和边缘化的重要时期。如果说，“19世纪以前，包括东南亚在内的亚洲在同国际市场经济关系上仍是个‘外缘以外的区域’”（注：（美）斯塔夫里阿诺斯著，迟越、王红生等译.第三世界的历史进程（一册）[M].北京商务印书馆，1993，160.）的话，那么从19世纪上末叶起东南亚便开始卷入世界资本主义市场范围之内。各国前资本主义的、封建的自然经济不同程度地被破坏，商品货币经济日趋发展。进入19世纪，西班牙在菲律宾实行放宽贸易限制政策的改革。允许英美等国商人在马尼拉开设同行。1815年又取消垄断性的“大帆船贸易”，允许拉美诸西属殖民地与菲律宾直接贸易。从1834年起，陆续开放马尼拉等为世界商港，使原来处于半封闭状态的菲律宾变为一个开放型的殖民地，农产品商品化和对外贸易发展起来。在具有自由贸易思想的莱佛士的倡导与推动下，爪哇在英国的统治期间（1811—1816），实行鼓励自由种植和自由贸易，发展商品货币经济的改革；1819年英国占领新加坡后，莱佛士在此积极推行自由贸易政策，使新加坡迅速成为自由贸易的国际港口。与此同时，英属下缅甸、法属交趾*支*那与柬埔寨，以及与英美法等签订了商务条约的暹罗，与西方的贸易关系也迅速发展，它们的农产品，特别是大米生产起上了商品化的道路，与国际市场挂上了钩。
（三）19世纪末至20世纪40年代初是东南亚殖民主义史发展的第三阶段，此时，资本主义已进入垄断阶段。资本输出取代商品输出成为主要的剥削手段，这是垄断资本主义的殖民扩张时期，在这一时期，殖民列强已将世界各殖民地瓜分完毕，并展开了重新瓜分殖民地和势力范围的斗争。1914后—1918年的第一次世界大战就是帝国主义大国之间争夺殖民地与势力范围的一场大厮杀。进入20世纪初期，西方殖民国家已基本上将整个东南亚地区瓜分完毕。除暹罗（泰国）以外，东南亚国家均已沦为西方列强殖民地、保护国。
到第二次世界大战前，西方国家在东南亚的殖民统治状况如下：
英国，占有缅甸、马来亚、沙捞越、沙巴、文莱和新加坡，面积共101万平方公里；
法国，占有越南、老挝、柬埔寨，建立法属印度*支*那联邦，面积共74余万平方公里；
荷兰，占有印度尼西亚群岛，建立荷属东印度，面积共190 万平方公里；
葡萄牙，占有东帝汶，面积1.8万平方公里；
美国取代西班牙，占有菲律宾群岛，面积29.9万平方公里。
暹罗虽在政治上保持独立地位，但19世纪末英、法通过协议，确定以湄南河河谷为界，划分了双方在暹罗的势力范围。
19世纪末、20世纪初，西方列强在东南亚夺取殖民地，进行领土扩张的浪潮，是由以下几个因素促成的：一是英国在南亚次大陆的争夺，立定了脚跟，占据了优势。对印度的争夺成为定局后，东南亚，特别是缅甸和马来半岛的控制权成为进一步争夺的目标；二是为谋求对中国大陆的霸权，攫取进入中国南部的通道，西方列强，尤其是英法需要占领东南亚作为前进的基地；三是1869年苏伊士运河开通和西方资本主义工业的迅猛发展，引起了对原料需求的急剧增长，竞争和追逐资源的斗争空前尖锐，因而激起了对亚洲，包括东南亚进行殖民领土扩张的浪潮。从19世纪70年代起，英国侵入马来半岛内地，荷兰发动亚齐战争，法国侵略越南北部，殖民列强纷纷抢占殖民地盘，推行“前进运动”就是在这个背景下进行的。
在这一时期，西方殖民扩张的目的，除了将东南亚国家变为商品市场、原料产地和投资场所以外，争夺战略要地，谋求霸权，具有日益重要的意义。这时，东南亚已完全纳入资本主义世界体系，东南亚各国基本上完成了向殖民地、半封建社会形态的转变，其社会结构发生了深刻的变化。
在政治上，东南亚各殖民地、保护国的政治体制形成，其基本特征是建立了隶属于宗主国国王或政府控制下的总督集权统治机构，一切大权包括行政、立法、司法、外交以及军事、安全等重要的权力完全集中于殖民地总督或高级驻扎官手中。同时不同程度地保留和利用原有的统治机构，扶植本地封建贵族、地主资产阶级、部落酋长等作为代理人。西方国家还把宗主国的某些统治方式移入殖民地。建立“联邦”，以当地人统治当地人，用一国治理另一国，实行分而治之，挑拨民族关系，是殖民统治者常用的策略手段。英、美在自己的殖民地还进行所谓“宪政改革”，实行“二元政治”，允许给予“自治”或建立“三权分立”的政治体制，但各殖民地的大权均牢牢掌握在宗主国手中，以确保它们在殖民地的权益。20世纪初，东南亚殖民地先后出现咨询性议会和法院、建立了文官制，成立了政党、在殖民统治方式上有了一些调整与改变。然而，这一切都从属于加强而非削弱宗主国对殖民地、保护国的控制。殖民时期东南亚国家的政治体制既保留有东方封建专制主义的传统因素。又涂上了西方资产阶级民主政治的某些色彩，但其实质是宗主国独揽大权，殖民地处于依附地位的殖民压迫体制。
在经济上，伴随着军事征服与占领任务的完成，东南亚各殖民地进入殖民经济开发阶段。霍尔说：“1900年开始了一个开发殖民地的新阶段，它比以前更紧密地把东方同西方的生产体系联系在一起。”（注：引自新编剑桥世界近代史（12）[M].中国社会科学出版社，1987 （中文版），432.）由于外国资本和商品的渗入， 东南亚国家自然经济日益解体。在农村，商品化农业发展，土地进一步私有化，外国种植园主和本国地主经营的农场、种植园迅速增加；采矿业、出口加工业发展，与此同时，对外贸易迅速发展。一方面，东南亚的资本主义经济因素增长，现代交通、通讯、金融与货币系统建立起来，城市兴起，人口空前增长。1870年至1940年间东南亚地区的人口从5500万人迅速增加到1.45亿人。（注：R.D.希尔.东南亚系统地理[M ].福建科学出版社，1985（中文版）64页.）另一方面，西方国家资本大量输入，控制了东南亚国家的经济命脉，经济发展服从于宗主国的需要，处于单一化、片面化的畸形状态，对西方发达的中心国家依附的“边缘化”状态日益加深。
进入20世纪，东南亚国家的社会结构与阶段关系也发生深刻的变化。传统的封闭的村社日益瓦解，商品货币关系渗入农村，从事商品化生产的农民与市场联系在一起，农民依然受到封建地主、商业高利贷者的剥削，但现在农村状况已与旧式的农村有所不同。随着城乡资本主义因素的发展，新的阶级：工人阶级、资产阶级和小资产阶级形成、发展起来。由于学校教育的一定发展，东南亚国家的知识分子队伍形成。殖民统治的影响力已深入到东南亚社会生活各个方面，并造成了它自身的对立物，这促进了民族的觉醒，推动了民族运动的高涨。
从殖民入侵开始，东南亚各国的反殖民主义斗争就日益展开。16—19世纪中叶以前，东南亚的反殖斗争是封建领主、贵族官员和部落首领为领导，斗争限于封建复国、恢复君主制的范围；农民起义、勤王运动是主要形式；19世纪末、20世纪初，东南亚民族主义勃兴，成为“亚洲觉醒”的一个重要表现，运动具有新的内容与发展方向。在西方资产阶级民主政治思潮的影响下，建立君主立宪或民主共和政体的民族主权国家成为民族主义者的奋斗目标。第一次世界大战与俄国十月革命对东南亚产生了巨大的影响，一战后，民族主义和社会主义思潮迅速传播，东南亚的共产党先后建立，民族主义组织涌现，反帝反殖的民族解放斗争进一步发展，成为世界被压迫人民解放运动的重要组成部分。
（四）二次大战和战后年代是东南亚殖民主义史的第四时期，这是东南亚的反殖民斗争空前高涨和殖民统治体系走向瓦解的阶段。二次大战期间，特别是1941年太平洋战争爆发后，日本侵占了东南亚各国，取代了英、法、美、荷等西方殖民国家的地位，建立了日本独占东南亚的殖民“新秩序”。这打破了欧美殖民国家分别统治东南亚国家的旧格局，东南亚地区首次出现由一个殖民大国单独统治的局面，东南亚殖民主义史进入了一个新阶段。
然而，20世纪40年代的日本，是一个军事法西斯化的帝国主义国家，它对东南亚的统治又是在战争环境下进行的，其殖民统治方式与方针政策比西方殖民国家更为严酷和僵硬。日本对东南亚的殖民统治是仰仗武力实现的。东南亚的占领地区，统治方式虽不相同，但实行军事法西斯的集权统治，是政治上的基本特征。为了将东南亚国家变为日本的人力、物力的供应基地，日本占领当局推行“竭泽而渔”的经济榨取政策，掠夺东南亚的粮食、石油和其他战略资源。日本还以“亚洲人治亚洲人”为幌子，灌输以“皇国”（日本）为中心的“大东亚共存共荣”思想，实施殖民同化的文教政策。日本占领虽然短暂，但造成了东南亚国家经济严重衰退，给广大人民带来了巨大的苦难。
太平洋战争期间，东南亚的形势和社会矛盾发生了深刻的变化。法西斯侵略势力与反法西斯民主势力之间的矛盾取代了东南亚被压迫民族与西殖民统治之间的矛盾，抗击日本侵略，争取民族解放的斗争成为首要任务。从日本入侵之日开始，抗日武装斗争的烽火燃遍东南亚半岛与海岛地区，各阶层人民投入反侵略斗争的洪流。东南亚被压迫民族为摆脱殖民枷锁的反抗斗争迅猛发展，达到前所未有的水平和空前巨大的规模。这是东南亚民族独立运动飞跃发展的大转变时期。
第二次世界大战给东南亚以巨大的冲击，使东南亚社会发生了一系列的重大的变化。日本在战局不利的形势下，1943年宣布承认缅、菲“独立”，1944年又宣布同意印尼“近期内独立”。1945年，日本发动了军事政变，推翻法国在印度*支*那的殖民政权，宣布承认越、柬、老三国脱离法国“独立”。日本对东南亚占领地区殖民政策的这些调整与让步，其用意在于争取东南亚各国亲日政权继续支持日本的侵略战争，并对抗日益高涨的人民抗日斗争。然而，它挽救不了日本军国主义必然覆灭的命运。相反，促进了东南亚民族民主革命力量的大发展。
二战期间，东南亚各国民族主义和人民革命的力量空前增长，大战的胜利加速了殖民制度的崩溃，并为东南亚各被压迫民族的独立奠定了基础。
1945年8月，反法西斯的第二次世界大战胜利， 日本在东南亚的殖民统治体制崩溃。战后国际局势发生重大变化。随着德意日法西斯的溃败和英法荷等西欧殖民国家的削弱，尤其是在战时直接统治东南亚地区的日本帝国主义的崩溃，国际力量对比发生了有利于东南亚国家独立运动的变化。帝国主义在亚洲的殖民体系遭到沉重的打击，东南亚国家民族独立运动进一步高涨。1945年8月， 印度尼西亚和越南掀起了八月革命，建立了印度尼西亚共和国和越南民主共和国。同年10月，老挝宣布独立。1946年菲律宾宣布成立独立的共和国。1948年1月， 缅甸联邦共和国成立。1953年11月，在印度*支*那三国抗法战争胜利发展的基础上，柬埔寨赢得了独立。1954年7月， 关于印度*支*那停战的日内瓦协定签订，越、老柬的独立获得国际上的承认。1955年，马来亚获得“部分自治权，1957年8月，马来亚联合邦成为英联邦范围内的独立国家。1959 年新加坡和文莱实现内部自治，从40年代中期到50年代末，英、法、荷、美在东南亚的殖民地一个又一个取得政治独立，东南亚的殖民统治体制基本解体。
进入60年代，东南亚国家摆脱殖民统治的进程继续发展。1963 年9月，马来亚、新加坡、沙捞越和沙巴组成“马来西亚联邦”。1965年，新加坡脱离该联邦，建立了独立的新加坡共和国。文莱达鲁萨兰王国于1971年获得“完全的内部自治”，1984年1月正式宣布独立。至此， 东南亚国家均成为独立的民族国家，统治东南亚数百年的殖民制度寿终正寝。
然而殖民主义势力是不愿自动退出历史舞台的。大战结束后，英法荷等殖民国家卷土重来，发动了殖民战争，企图恢复和保持殖民制度；美国则凭藉其强大的经济这军事实力，一面支持英、法、荷的殖民战争，压制东南亚的民族独立运动，另一方面，以援助为手段，向东南亚国家渗透与扩张，以排挤和取代英、法、荷。
在战后世界形势发生巨大变化、民族独立浪潮汹涌澎湃、西方殖民国家争夺更趋激烈的新情况下，殖民国家不得不考虑改变旧的统治方式，调整殖民政策，采取殖民主义的新形式与新手段，其特征是“容忍殖民地政治上独立，但仍保持直接或间接的经济控制，利用新技术将外缘地区更彻底地结合在国际市场经济之中”。（注：罗荣渠.开拓世界史的新视野（代译序），载斯塔夫里亚诺斯.《全球分裂——第三世界的历史进程》上册[M].商务印书馆，1993（中文版），8.）这种殖民主义的新方式与新手段早在19世纪即已在拉丁美洲出现过，不过当时不是作为主要殖民手段而已。
因而，随着一系列民族独立国家的诞生，殖民统治体制虽已宣告崩溃，但以美国为首的西方国家仍凭藉它们的经济优势，从政治、经济、意识形态等领域对刚获独立的东南亚国家进行渗透扩张，以实现不带政治兼并的经济兼并。
挣脱了殖民枷锁的东南亚国家，在取得了政治独立后，面临的主要任务是大力发展民族经济，实现国家的工业化和现代化，并加强区域合作，为建立公正、合理的国际经济政治新秩序而继续斗争。