長期以來,台海两岸政治對立,民進黨執政時期兩岸關係陷入冰點。2008年5月中國國民黨執政後,馬英九政府恢復兩岸兩會交流,海協會長陳雲林受邀於10月來訪進行第二次江陳會談。2008年9月,三鹿奶粉污染事件波及臺灣政壇,政府面對中國大陸進口的食品管制備受批評,社會對黑心商品的加強積極管理與檢驗成為社會輿情的焦點,故政府加強取締黑心商品活動。同年10月,海協會副會長張銘清,以廈門大學觀光學院教授身分,接受台南藝術大學邀請到台灣參加學術研討會。
10月19日,張銘清抵台第一天,民進黨臺南市議員王定宇號召群眾包圍張預定用餐的臺南擔仔麵餐廳,迫使張更改行程。
10月20日,王定宇率領群眾聚集在南藝大校門抗議。王定宇運用電臺策劃抗議活動,並且嗆聲:「只要張銘清不為毒奶粉事件道歉,不接受台灣不是中國的一部分,張天天都要等著被K」。王定宇帶人去抗議時,在抗議隊伍裡面也安排了人員隨團拍攝抗議過程,並派人將拍攝的影片放到玉山網路電視、臺灣海外網等知名網站上發布。[1][2]
10月21日,王定宇透過快樂廣播電台呼籲群眾跟蹤張銘清行動,隨時通報集結。上午,張銘清參觀安平古堡,遭遇民進黨台南市議員李文正率眾抗議。張銘清參訪億載金城時,回應記者詢問總統馬英九「四年內不會有戰爭」的談話時表示:「沒有台獨,就沒有戰爭」[3][4]。張離開安平後前往天后宮。
張銘清離開天后宮之後,在返回飯店的途中前往孔庙參觀,正要離開時王定宇率領示威者上前包圍,高喊台灣獨立,結果場面失控,抗議群眾將張用力推翻在地,王定宇則自背後抓住張銘清兩腋向後拖行(王後來表示是要攙扶張起身),造成張的右側髖與右側肩部挫傷[5][6][7][8]。陪同張銘清的人員立即將張銘清護送到孔廟外的車輛,登上座車時又遭民眾揮拳打中後腦。張銘清坐上車後,王定宇的服務處人員林進勳以宣傳車擋住去路,並跳上車頂猛踹數分鐘,造成車頂凹陷。林進勳下車後,抗議民眾曾朝枝、杜永南、伍平進又與林進勳以雙手擋住車子,何桂花以柺杖敲擊車子的後車窗,王貞瑞雙手按住引擎蓋,讓車子無法離去。直到支援警力到場,強力隔離抗議群眾,車子才離去[9][10]。
10月22日,張銘清取消所有行程提前離臺,台灣警方在小港機場以三百名警力加以保護。民進黨籍市議員蕭永達率領群眾前往鼓譟抗議,但被警方阻擋。