1948年夏，为了进行辽沈战役，东北的解放军指挥机关划分为前方和后方两大块，林彪、罗荣桓、刘亚楼为前方，指挥作战；高岗为后方，领导支援前线工作。
9月初，辽沈战役打响。
10月15日，东北野战军攻克锦州。
随后，又在辽西地区围歼西援锦州的敌廖耀湘兵团。
在辽西作战期间，高岗和东北军区参谋长伍修权一起分析战局，认为困守在沈阳等地的东北残敌，为了逃避被全部围歼的命运，在北宁线切断之后，有很可能从营口由海上逃跑。为此，10月19日，他和伍修权联名发电报给林彪。
在电报中，他们指出敌人向营口突围从海路南撤的可能，建议迅速调动部队，抢先占领营口，以堵塞敌人的退路，并具体建议以第十二纵队外加三个独立师由四平以北乘火车于10月24日以前全部赶到清源，然后向鞍山、海城急行军南进，抢占营口，堵塞沈阳等地残敌的退路。
他们还建议林彪迅即下达相应的具体命令。
与此同时，他们把这一建议转报了毛泽东。
毛泽东当即指示林彪：“高、伍建议……甚为必要，……照此速办，愈快愈好。”
不料，林彪却一拖再拖。
为此毛泽东连续给他发了七封电报，告知他蒋介石已在天津集中了五万吨位船只，准备接应从营口撤出的东北敌军，要求东北野战军“不失时机，争取大胜”。但是，由于林彪未及时部署兵力去堵塞营口这个唯一的缺口，致使敌52军军部及一个师部三个团，共一万多人，由营口登船，从海上逃离了东北。
敌第52军军长叫刘玉章。成功逃脱后，他大肆吹嘘“敦刻尔克大撤退”。
由于刘玉章率部的逃脱，使得东北野战军未能完成全歼东北敌军的任。事后，毛泽东惋惜地责备林彪：
“忽视对营口的控制，是一个不小的失着。”
高岗虽然管后方，倒是有一定的军事才能。因为，他在红军时就指挥过不少的战斗。