蔡元培在1916年说：“满洲政府，自慈禧太后下，因仇视新法之故，而仇视外人，遂有‘义和团‘之役，可谓顽固矣。”（《华工学校讲义》）
李大钊在他著名的宣言性论文《东西文明根本之异点》（1918年7月1日）中说：“时至近日，吾人所当努力者，惟在如何吸取西洋文明之长，以济吾东洋文明之穷。断不许以义和团的思想，欲以吾陈死寂灭之气象腐化世界。”
陈独秀在发表在《新青年》上的《克林德碑》一文，更是全面分析了义和团运动在五个根本方面反时代潮流的特征，陈独秀最后总结说：“照上列的事实看起来，现在中国制造义和拳的原因，较庚子以前，并未丝毫减少，将来的结果，可想而知。我国民要想除去现在及将来国耻的纪念碑，必须要叫义和拳不再发生；要想义和拳不再发生，非将制造义和拳的种种原因完全消灭不可。现在世上是有两条道路：一条是向共和的科学的无神的光明道路；一条是向专制的迷信的神权的黑暗的道路。我国民若是希望义和拳不再发生，讨厌克林德碑这样可耻的纪念物不再竖立，到底是向哪条道路而行才好呢？”「義和拳就是全社會種種迷信種種邪說的結晶。」[127]}}
華人歷史學家唐德剛指出，義和團的行為除了殺害無辜的外國人外，也直接造成許多無辜的中國人受害，而且針對對象也包括光緒帝（所謂一龍）、李鴻章、奕匡（所謂二虎）、京官大臣（所謂十三羊，或謂三百羊，宣稱京官除十八人外全應殺[57]），除屠殺外，也姦淫據掠[57][128]，无法无天，其不人道處比八國聯軍更甚，實屬野蠻殘暴。如據當時記載：“城中日焚劫，火光连日夜……夙所不快者，即指为教民，全家皆尽，死者十数万人。其杀人则刀矛并下，肌体分裂，婴儿生未匝月者，亦杀之残酷无复人理”，“京师盛时，居人殆四百万。自拳匪暴军之乱，劫盗乘之，卤掠一空，无得免者。坊市萧条，狐狸昼出，向之摩肩击毂者，如行墟墓间矣。”[129]「義和團之殺教民毛子也，備諸酷虐，剉舂，燒磨，活埋，炮烹，支解，腰殺，殆難盡述。京西天主堂墳地，悉遭發掘，若利瑪竇，龐迪我，湯若望，南懷仁諸名公遺骨，無一免者。勝代及本朝御碑，皆為椎碎。保定屬有張登者，多教民，團匪得其婦女，則挖坑倒置，填土露其下體，以為笑樂。」[57]天津之战开始后，一些拳民看见远处有个妇女在跑，就大喊道：“直眼往何处逃？”她听到后跪在地上说：“我非直眼，乃某处某人之妻也。”拳民说：“尔额有纹，安能讳耶？”随即把她拖至坛门外杀掉[12]。
歷史作家金满楼表示，义和团的口號是扶清滅洋，“洋”代表了與西方有關係的一切人和事物，因此都在消灭的范围内，这其中既包括信教的洋人和不信教的洋人、“洋教”、與洋教有關係的中國教民，也包括從西洋傳來的西药，洋布，等等。杨典诰在《庚子大事记》中说：“自教堂教产烧毕后，所有城内外凡沾洋字各铺所储洋货，尽行毁坏，或令贫民掠取一空。并令住户人等，不得收藏洋货，燃点洋灯。于是家家将煤油或箱或桶泼之于街。又传言杀尽教民后，将读洋书之学生一律除去，于是学生仓皇失措，所有藏洋书之家，悉将洋书付之一炬”。仲芳氏也在《庚子记事》中说：“又哄传各家不准存留外国洋货，无论巨细，一概砸抛，如有违抗存留，一经搜出，将房烧毁，将人杀毙，与二毛子一样治罪。”由于洋货在很多方面确实为老百姓提供了方便，因此商人为免毁坏，就给洋货或者带“洋”的货品改名换姓，譬如“洋药”改称“土药”，“洋布”改称“土布”或者“西布”，“洋货铺”改称“广货铺”[130]。六月十六日上午十一时许，一队团民巡行到大栅栏老德记药房前，发现这里出售洋货，即纵火焚之。仲芳氏《庚子记事》载：“义和团焚烧前门外大栅栏老德记大药房，不意团民法术无灵，火势猛烈，四面飞腾，延烧甚凶。计由大栅栏庆和园戏楼延及齐家胡同、观音寺、杨梅竹斜街、煤市街、煤市桥、纸巷子、廊房头条、廊房二条、廊房三条、门框胡同、镐家胡同、三府菜园、排子胡同、珠宝市、粮市店、西河沿、前门大街、前门桥头、前门正门箭楼、东荷包巷、西荷包巷、西月墙、西城根。火由城墙飞入城内，延烧东交民巷西口牌楼，并附近铺户数家。自清晨起，直至次日天晓始止，延烧一日一夜。”“义和团在老德记大药房将火点起，令四邻焚香叩首，不可惊乱。及至延及旁处，团民不许扑救，仍令各家焚香，可保无虞，切勿自生慌扰。既至火势大发，不可挽救，而放火之团民，已趁乱逃遁矣。是以各铺户搬移不及，束手待焚，仅将账目抢护而已。”李希圣在《庚子国变记》里说，这次大火“焚正阳门外四千馀家，京师富商所集也，数百年精华尽矣。延及城阙，火光烛天，三日不灭。”
史學家马洪林等表示，义和团相信天灾频仍（1899年1900年的旱灾）是基督宗教造成的，久旱无雨意味着天上神灵遭到了教堂和教民的亵渎，认为只有推倒教堂，扫平洋人和教民，才能感动上天降雨[131]。义和团降神附体，念咒画符，如“避枪炮火咒”、“请神咒”、“请师咒”、“护身咒”。拳民战斗时都要口念咒语，祈求各路神仙“神灵附体”、“显灵护身”。他们请的神大多來自於章回小說與民間故事：有周朝太公望、战国鬼谷子、汉寿亭侯关羽、無生老母、三清、玉皇大帝、如来佛祖、弥勒菩萨、观世音菩萨、二郎神、哪吒、唐三藏、孙悟空、天蓬元帅猪八戒、济公、张天师等，甚至一些幾乎無人祭祀，只在說書中出現的鸿钧老祖、通天教主、驪山老母、唐朝樊梨花、宋朝穆桂英、金刀圣母、柳树精、黄三太等等[132]。义和团相信他们打的是神鬼之仗，是神灵与妖鬼的战争。团民坚信自己代表神，那么洋人、教士及教民作为神的对立面，也就理所当然地被看做是鬼。所凭借的是法术，而不是人力[131]。但义和团相信女人裸体、女人的秽物（便溺、经血、月經布等）的陰門陣会破解他们的避炮的法术[133]。“各洋樓架大砲甚多，每砲皆有一赤身婦人跨其上，所以避砲之法不能行”[134]。崇信拳匪者傳云：「義和拳與洋人合仗，洋人不能敵，忽洋人軍隊中有一婦人赤體立，義和拳法術被破，不敢前進」[135]。團每戰必敗，或問故？團曰：「每戰輒見洋人隊中，有赤身婦人立於陣前，致法術為其所破」[136]。“西十庫開仗，忽有赤身婦女走出，團民受傷者眾，樓周圍挂婦人皮，并各穢物，以致團民難以得勝，東交民巷亦用此法”[56]。團民欲燒毀西十庫教堂，卻意外波及了附近的數處民居，教堂絲毫未損，對於這種結果，團民們普遍的解釋是：“此處與別處教堂不同，堂內牆壁，俱用人皮黏貼，人血塗抹，又有無數婦人赤身露體，手執穢物站於牆頭，又以孕婦剖腹釘於牆上，故團民請神上體，行至樓前，被邪穢所沖，神既下法，不能前進，是以難以焚燒[137]。女體是污穢的觀念使得婦女成為團民眼中畏懼的對象；为防污秽，义和团禁止妇女出门，不知此令而出门被杀的妇女甚多[12]。團民認為唯有「紅燈照」才能反制女性這種厭勝能力，所謂：「須待紅燈照來時方可，紅燈照盡是少女幼婦，故不畏髒穢之物耳」[56]；又說：「一切軍器皆不畏懼，槍砲遇之即不能燃，義和團法術雖大，然尚畏懼穢物，紅燈照則一無所忌，與義和團聯合一氣」[56]。
參與八國聯軍進攻北京的美國陸軍第二指揮詹姆斯?威爾遜少將在回憶錄中說:「(义和团运动)本質上是愚昧迷信與覺醒進步之間的衝突，它威脅了每一個在(清)帝國境內的外國人的生命與財產，外交人員與傳教士也不例外。」[138]
康有为《拳匪头王培佑超升京尹论》:
梁启超《中国积弱溯源论·积弱之源于风俗者》：
孙中山：大东书局《三民主义浅说》《民权初步·第五讲》
秋瑾《精卫石》：
余英時認為：
袁伟时认为：
李文海称义和团运动中除了多伤人命之外，中国人经济财产也遭受巨大损失。例如，义和团在北京前门外大栅栏点火焚烧老德记洋货铺和屈臣氏洋药店，结果烈火乘风势迅速蔓延，一把火烧掉了附近的商铺1800余家，民居7000余间[142]。