“阴谋说”以袁策祥《九一三事件中的李文普及其他》、《从李文普看”九一三”中”看不见的手”》、赵越胜《毛泽东逼林彪出走，陷他于死地》等文章为代表，大意是：中央对林立果一伙阴谋暗杀毛主席、企图抢班夺权的计划早就了然若揭，九一三事件就是一个把林彪全家置于死地的阴谋。上至毛泽东、周恩来、汪东兴，下至8341部队、潘景寅、李文普，都是计划的制订和参与者。先有毛泽东南巡讲话的”敲山震虎”，再有周恩来夜查飞机的突然示警，风声鹤唳的形势终于将心怀鬼胎的林立果、叶群惊得仓皇出逃，并把林彪骗上飞机。8341部队沿途戒备，姜作寿拦车、肖奇明开枪等都加剧了草木皆兵的效果和恐慌气氛。专机强行起飞后，毛泽东故作大度，放行飞机逃往蒙古，其实飞机上早就安放了遥控炸弹，毛泽东对于林彪在劫难逃早就成竹在胸。飞机进入蒙古后，中央确认叛逃无误，引爆炸弹，导致飞机在空中起火，机件失灵。火势越来越大，潘景寅无法控制飞机，甚至没有时间耗尽燃油，不得不冒险在野外迫降。因为落地速度过快，机腹擦地引发油箱爆炸，机上成员全部身亡。计划完美完成，周恩来在人民大会堂开茅台庆祝。杀人毕竟有悔意，事后周恩来有兔死狐悲之感，当着纪登奎、李先念的面失态大哭。
与“苏蒙导弹说”一样，在没有更多证据的情况下，“阴谋说”也只能当作是一种猜测。但是，由于九一三事件的诸多不合理现象都和“阴谋说”有千丝万缕的联系，我们不应该简单粗暴地给它扣上一顶“谣言”的帽子，然后以“造谣传谣”的大棍子收拾那些从事理论探究的学者，而是应该以科学谨慎的态度，逐一分析这些疑问，例如：
下文就让我们一一来剖析以上疑问。
1) 张宏说中央指示”跟着走”。按照”阴谋说”，中央本来就计划借机将林彪全家一网打尽，从而指示林立衡也上飞机，是说得通的。但我们先来看当事人姜作寿的回忆:23点15分，不安的心情驱使我再一次上96楼查哨，继续观察他们的动态。96楼南侧的莲花石哨兵告诉我，叶群、林立果老在外面转，还不断往汽车上装东西。我来到96楼中段，迎面又碰上林彪秘书宋德金，他再次告诉我一个新情况：”大队长，我看见他们都在忙着收拾东西，是不是今晚就要走啊！”……我急忙返回58楼大队部值班室，准备向张宏同志汇报这个新情况。而这时张宏同志在厕所，所以我立即打电话向张耀祠同志报告这个新情况。张耀祠同志让我们也一起上飞机，这样我们还要做些必要的准备。（《姜作寿回忆在林彪身边的五年》，姜作寿口述，舒云整理）
如果姜作寿回忆的没错，在后来张耀祠下达控制飞机不准起飞的命令之前，最初的指示是让8341部队跟着上飞机。跟着上飞机的目的，自然一是监视，二是必要时可以控制飞机。在这样的背景下，中央指示林立衡也上飞机，继续充当”卧底”，期望她在关键时刻继续通风报信，似乎也说得通。8341部队上飞机，是一种监视控制的手法，而不是谋杀的手法。后来姜作寿在8341部队门口拦截红旗车失败、李文普跳车逃跑之后，8341部队收到的指示也与“阴谋论”不符。姜作寿回忆：副团长张宏听到枪声，也到了现场察看，然后他返回大队部值班室向张耀祠同志报告。张耀祠当即指示：”你们马上乘车去山海关机场，阻止飞机起飞。有什么情况及时报告。”随即张耀祠同志将这个新情况向汪东兴、周总理、毛主席报告，之后并没有向我们传达新的指示。（《姜作寿回忆在林彪身边的五年》，姜作寿口述，舒云整理）如果中央真的要杀林彪全家，最理想的做法应该是把林彪一家顺利放走，然后引爆炸弹制造飞机失事，而不是指示部队跟着上飞机，或者是阻止飞机起飞。这说明，不论有没有阴谋，至少在当时8341部队是不知情的，没有配合参与。
按常理推断，中央也并无必要将林家“一网打尽”。毛泽东大动干戈地“打草惊蛇”、“敲山震虎”的主要对象是林彪本人，敲打叶群也是意在沛公地针对林彪，虽然林立果策划“五七一”阴谋暗杀毛泽东罪有应得，但林立衡一无政治能量，二无反叛野心，更是向中央检举揭发的”功臣“，中央何必要斩草除根，对林立衡一介女流都不肯放过呢？之前刘少奇被打倒，九名子女中除长子刘允斌不堪文革凌辱自杀外，其余子女都活着熬过了文革。邓小平的五名子女中除长子邓朴方跳楼自杀造成终身瘫痪外，其余子女也并未被毛特别针对。按照中国“罪不及父母，祸不及妻儿”的传统文化，中央让林立衡“跟着走”的指示未必是出于如此卑劣的用心。
但微妙的是，当事人后来的掩饰行为却显得画蛇添足。张耀祠不承认自己让林立衡一起上飞机：警卫另有飞机，我没有叫姜作寿他们上飞机，那一架专机就是林彪一家子。让林豆豆上飞机更不可能，我怎么叫她跟着走？（采访中央警卫局副局长张耀祠笔记，2003年2月18日，舒云《林彪事件完整调查》）由于姜作寿始终不知道内情，又是警卫林彪的直接负责人，按常理推断他的证词应该比接近权力中心的张耀祠要更为可靠。张耀祠可能是担心别人以为中央要对林家“一锅端”，才否认让姜作寿和林立衡上飞机。殊不知他指示姜作寿带领8341部队跟着上飞机，恰恰证明8341部队没有参与谋杀，他的否认反倒是给人以此地无银三百两的感觉。对让林立衡上飞机“跟着走”一事，张清林回忆说：“负责审查我和林豆豆的谢静宜叫我们以‘党性’保证不准再提这件事。”（（舒云《是谁让林彪女儿林豆豆也上三叉戟？》，《新史记》第5期，选自《百问“九一三”》）谢静宜逼迫当事人“封口“的做法是否说明自己做贼心虚，暗地里藏着不可见人的秘密呢？
说句题外话，后来林立衡受到的待遇并不公正。虽然9.18通知中认定林立衡“在紧要关头揭发林彪、叶群、林立果私调飞机、阴谋叛国投敌，为党立功”，但很快她和张青霖就从北戴河被转移到北京卫戍区，被谢静宜负责的专案组勒令交代林彪“两谋一叛”的“罪证”。谢静宜得不到她所需要的内容时，“不得不天天来施压，争吵”，后来谢“想出新招软化张清林，把她俩分开，各住一座楼。要张清林站在毛主席革命路线上跟她合作……三人苦争苦斗了半年，张清林被迫起草了一份交代，谢静宜修改后交豆豆重抄，送给了毛泽东过目。”（刘家驹《我写林彪传的遭遇》，《炎黄春秋》2013年第3期；《因揭发林彪立功的林豆豆为何遭遇“不公正”待遇？》，人民网-文史频道，2011年06月02日08:55）
1972年8月被周恩来在人民大会堂“集体接见”后，林立衡回到空军，空军派出著名女飞行员诸惠芬等三人来轮番地“帮助”。中组部部长郭玉峰和公安部副部长李震三天两头来查案情。林立衡在高压下精神崩溃了，服用了一把安眠药，经301医院抢救后，把她交回空军报隔离审查。林立衡被视为林彪留下的“钉子”，由空军报组织人大会批、小会斗。为防止她再自杀，把她关进一个只有8平方米的房间，派专人日夜监守。房间内昼夜开着灯，不准挂蚊帐，她身上被蚊子咬得遍身是肿块，看守人每天端来一盆稀释的敌敌畏泼洒在地面上。屋内空气污浊，又数月不见阳光（看守人在墙上挖了个小洞，每天让她伸出手臂晒半小时的太阳），林立衡掉了6颗牙，头发掉了一半，体重剩下70多斤。在自己生死存亡关头，她向毛泽东写出求救信。1974年7月31日，由空军政委高厚良来向监禁中的林立衡传达毛泽东的最高指示：解除对林立衡的监护，允许她同张清林往来，他们与死党有区别。经政治局讨论，决定把豆豆下放到空降15军43师的农场劳动锻炼。
1975年10月5日，中央组织部和空军干部部派人来农场，向豆豆宣布邓小平的指示：恢复组织生活，恢复真名，按干部待遇安排到地方工作。豆豆提出回北京的请求被拒绝，只能去人生地不熟的郑州。（刘家驹《我写林彪传的遭遇》，载《炎黄春秋》2013年第3期）林立衡在郑州汽车制造厂一分厂工作十余年，期间仍然是中央监控对象。省公安厅对她的“安全”有严格的约束，她的日常行动，由汽车厂革委会指派得力的专人给予“保护”，不经允许不得离厂，经批准外出必须有人随从，这种情况直到80年代改革开放后才有所放松。80年代中期，在时任中共中央总书记赵紫阳亲自批示后，林立衡才得以返回北京工作。