在大气层内高速飞行还必然导致飞行体表面温度上升，发出大量红外辐射，是拦截弹制导系统和预警系统的绝好目标。
飞行阻力的增加和机动飞行还增加了从发射场到目标的飞行时间，为对方组织拦截提供了更多的预警时间。
弹道导弹难以拦截主要是因为其飞行速度快，进攻突然性强，预警时间短，弹道高度高，水漂弹以损失上述优势为代价来换取飞行距离增加，实际上是得不偿失的。
至于机动变轨，使用机动发动机的机动弹头同样可以做到，还不损失速度。