西汉出现了饼曲，这是块曲的原始形式，其制作也可能是用手捏成的。从散曲到饼曲，是酒曲发展史上的一个重要的里程碑。汉代，由于制曲技术的发展，各地已经利用不同的谷物来制曲了，因而酒的品种有所增加。西汉学者、辞赋家、语言学家扬雄（公元前53～公元18），字子云，西汉蜀郡成都（今四川成都郫县友爱镇）人。在他的著作《方言》中提到了八种酒曲的名字，如大麦做成的曲：麰（读作mou）。稍晚东汉的许慎在《说文解字》中有近十个字都解释为曲，即有近十种酒曲的称呼，有好几种还特为解释成“饼曲”。到了东汉末年崔寔的《四民月令》中开始有了块曲制法的记载，这说明在东汉末期，成型的块曲已非常普遍。块曲，顾名思义是具有一定形状的酒曲， 其制法是将原料（如面粉）加入适量的水，揉匀后，填入一个模具中，压紧，使其形状固定，然后再在一定的温度，水分和湿度情况下培养微生物。
到了北魏时期，块曲的制造便有了专门的曲模，《齐民要术》中称为“范”，有铁制的园形范，有木制的长方体范，其大小也有所不同。如《齐民要术》中的“神曲”是用手团成的，直径2.5寸，厚9分园型块曲，还有一种被称为“笨曲”的则是用1尺见方，厚2寸的木制曲模，用脚踏成的。当时块曲仅在地面放置一层，而不是象唐代文献中所记载的那样数层堆叠。使用曲模，不仅可以减轻劳动强度，提高工作效率，更为重要的是可以统一曲的外型尺寸，所制成的酒曲的质量较为均一。采用长方体的曲模又比园型的曲模要好。曲的堆积更节省空间。更为后来的曲块在曲室中的层层叠置培菌奠定了基础。用脚踏曲，一方面是减轻劳动强度，更重要的是曲被踏得更为紧密，减少块曲的破碎。总之，从散曲发展到饼曲，从园形的块曲发展到方形的块曲，都是人们不断总结经验，择优汰劣的结果，都是为了更符合制曲的客观规律。
散曲和块曲不仅仅体现了曲的外观的区别， 更主要的是体现在酒曲的糖化发酵性能的差异上。其根本原因在于酒曲中所繁殖的微生物的种类和数量上的差异。从制曲技术上来说，块曲的制造技术比较复杂，工序较长， 而且制曲过程中还要花费大量的人力。酿酒前，还必须将块状的酒曲打碎。古人为何多此一举? 其中的道理是块曲的性能优于散曲。从原理上看，我国酒曲上所生长的微生物主要是霉菌，有的霉菌菌丝很长，可以在原料上相互缠结，松散的制曲原料可以自然形成块状。酒曲上的微生物种类很多，如曲霉菌，酵母菌，根霉菌。这些不同的微生物的相对数量分布在酒曲的不同部位的分布情况也不同。因为饼曲外面和内部接触空气面不一样，外面有利于曲霉的增长，内部则有利于根霉和酵母的繁殖。根霉菌有很强的糖化力，也有一定的酒精发酵力，它能在发酵过程中，不断繁殖，不断地把淀粉分解成葡萄糖，使酵母菌可以再将葡萄糖变为酒精。块曲的使用更适于复式发酵法(即在糖化的同时，将糖化所生成的糖分转化成酒精)的工艺。因此从散曲到块曲是制曲质量的一大飞跃，不只是曲体形状的改变，同时也使黄酒生产水平大为提高。《汉书•食货志》记载：“一酿用粗米二斛、曲一斛，得成酒六斛六斗”。这个出酒率为1：2.2，与当今的出酒率近似。这一比例在王莽当权，恢复西汉时期酒的专卖时，作为官方规定的酿酒原料的配比。从中也可看出，酒曲的用量很大（占酿酒用米的50％），这说明东汉以前，制酒的糖化发酵力不高。
晋代在文献中第一次出现原来南方特有的酒曲：小曲，又叫药曲、女曲。旧题晋永兴元年（304）嵇含著的《南方草木状》上卷记载：“杵米粉杂以众草叶，治葛汁潃溲之，大如卵。置篷蒿中荫蔽之，经月而成。用此合糯为酒。”这种稻米粉中加中草药之后，增加了许多维生素成分，从而促进了根霉菌和酵母菌的繁殖，大大提高了酒曲的糖化力、酒化力。小曲实际出现应该更早，而且也应该在晋代以前就已经传到北方。南北朝时，制酒曲的技术已达到很高水平，小曲已相当普遍生产。和北方的曲种不同，由于制造小曲的原料为大米或稻糠，所以也叫米曲。小曲中的主要微生物是根霉和毛霉，据有关科技工作者分离鉴定，在分离到的828株毛霉科的霉菌中，其中根霉占643株。根霉不仅具有糖化作用，还具有酒化酶，所以同时具有酒化作用。魏晋南北朝时期，由于北方多战乱，经济文化中心南移，制酒业在南方迅速发展起来，并后来居上。在南方亚热带的温暖气候，有利于生产小曲及其小曲酒。小曲制作中加入了中草药，这种制曲方法一直流传到现在，例如现今名酒董酒所用的董酒米曲就是在小曲中加入中草药。小曲是由传到北方，和由北方传到南方的麦曲相反。