我是F1在读的研究生。我一直跟我的Major Professor都在作自己的Research Project作为我的PhD课题。我的Major Professor的Funding来自跟我们合作的的企业，他把部分Project的Funding都放在他自己注册的个人公司账户上。然后给我一次性给了我接近3万美金Check资助我的学费和生活费，同时要了我的SSN。算是对我PhD课题的回报。但是我并没有给他的公司作任何事情，只是他正好用到我的PhD课题的东西去申请了Funding然后想帮助我！！他没有给通过学校给我RA的钱。因为他在学校的账户钱很少。
后来我就收到我Major Professor给我的1099-MISC表格,第7项注明是nonemployee compensation.我当时没在意，保税的时候就按网上search的结果填了1040 Schedule C(Profit or Loss from Business),扣除了我自己的学费和部分expense后剩余5000，这部分钱我缴了税。
现在我才意识到F1是不能按Business保税的。我非常后悔拿了我Major Professor的钱，但是当时他说这个钱时给我的资助，不是工资。而且我也没有给他打工。没有任何雇用关系。我也没有给他作什么具体的事情，只是我的课题给他弄到了钱。
现在group有个美国学生来质问我为什么F1可以打工？（估计我的Major Professor也给了他一笔钱，他就知道我这个事了）。我和这个学生关系一般般。特别现在特别会出什么事情，我想我Major Professor肯定会帮我说话，因为他对我真的很好。
现在请问：
1. 我就怕这个真的是非法打工吗？我申请OPT怎么办？申请H1B有问题吗？还有以后绿卡呢？
2. 就算这件事我被发现，我的Major Professor可以作证我没有真正打工，而是TAX保税的错误。这件事是不是就没关系呢？
3. 我最近刚刚出境renew过我的F1签证，又刚刚入境。我看过245(k)的规定，是不是我这次入境，以前就算有非法打工也没有影响啊？？就算有影响，那个180天的规定怎么计算在我身上呢？我并没有真正打工啊?
4. 我现在正在等OPT，我可以把钱退给我的的Major Professor吗？然后我的Major Professor再通过OPT付给我钱。只是这件事已经是去年的事情了。税都报过了。再去更正是不是更引起注意啊?
多谢单身老猫等各位朋友啦！！真的很着急。
谢谢谢谢！！