关于梁思成保护京都免于盟军空袭说法目前尚存争议，日本《朝日新闻》记者古谷浩一经过调查后表示，虽然“很难断定京都奈良免于轰炸就是因为梁思成的建议”，但他的建议对中日之间意义重大。梁思成保护京都的说法来源，要查明出至何处。以一人之力改变美国政府与军方政策，使京都与奈良免受摧毁之说，从无原始资料佐证。左拉拉教授在2018年发文，指在美国国家档案馆罗伯茨委员会卷宗查无此事[8] 。常识可见美军的轰炸任务，是由一连串军方委员会与军方单位依据战略需要来确定，不是由一个无军务、非公民、非日本建筑专家可左右。
另据战争史研究第五期报道，当时美国曼哈顿工程负责人格罗夫斯上校（Leslie Groves）将由战略航空兵参谋长诺斯塔德准将（Lauris Norstad）拟定的即将被原子弹轰炸的日本城市的最终名单（小仓、京都、广岛、新潟）提交给马歇尔将军时，遭到了陆军部长史汀生的反对，史汀生在做菲律宾总督期间多次到过京都，对这座优雅美丽的城市感情很深。史汀生称，京都对日本人民有巨大的感情价值和宗教意义，由此将对战后重建日本带来很大困难，格罗夫斯则坚持京都是最有价值的目标，因为别的日本城市大多已遭空袭破坏，大量人口和设备迁往京都，京都已是日本战时最重要的兵工生产中心，是拥有100万人口的巨大工业城市。史汀生找了杜鲁门总统，劝说他划掉京都的名字，同时将其保留在禁止轰炸的城市名单上。