东汉亡了，从三国到晋，接下来是五胡乱华，16国，最长的是前凉，49年，战火不断，神马忠君，仁政全没人理了，有人有枪就是硬道理。儒学作为主流文化的地位暂时为讲究遁世的道学取代，人们的注意力转向了独尊儒术里的那个“术”，就是黄老之术，道家的那一套。连年战乱，人心思安，大家都想着能成仙，避世，忙着炼丹吃药丸子。道学的日子也不太长。原因是道家讲的是修道成仙，真的有人炼成丹药吃了成仙也就罢了，可是净是听说“鸡犬升天”的故事，却没见谁真的得了道，吃丹吃死的倒是不少。渐渐地，道家的吸引力也减弱了。
大凡主流文化，不论朝代，其最大作用是促进社会稳定，在强权横行，礼崩乐坏，儒家式微，道家也渐渐失去吸引力的时候，佛教就成了新的寄托了。佛教与道教相似处在讲遁世，可是佛教高明的地方是不修今生修来世，给你个无法证明。这在动乱年代，对百姓是安慰，对统治者来说则正中下怀了。所以，一直到唐末，宋初，佛学都占了主导地位。
隋文帝杨坚一统中原，结束了三百年分裂。隋朝立国之后，确立了三省六部制，这种政府设置一直延续至清朝；开创了科举制度，为中国的官僚机制打下了基础，也为后来儒学的发展埋下伏笔。隋文帝还积极推行汉化，一时间，隋帝国成了世界上最强大的国家，据史书记载，日本对华称臣唯一的朝代就是隋。可惜隋朝命短，到荷尔蒙旺盛的唐，出了个上勤下达，伺候了好几位皇帝，后来干脆取而代之，公开在后宫养花样美男的武则天，接着是那个六位帝皇丸，武则天的儿子中宗李显；再到为了杨玉环翘课的玄宗，一直到最后治国无能，每日风花雪夜的后主李煜，没有一个是能够推崇儒学的主儿。
到了宋朝，那开国的赵匡胤自己就是黄袍加身，抢了把兄的皇位，自然不会对提倡忠君的儒学大加提倡。直到北宋中期，神宗之后，政治稳定，外战减少，经济也好起来，是该巩固政权的时候了，出了程家哥俩，就是“程朱理学”里的程颢，程颐兄弟。儒学才再次开始抬头。