三门峡水库是争议最大的工程，泥沙淤积造成了很多问题。当年黄万里教授坚持留底孔排沙的意见是对的，但不能完全否定三门峡水利枢纽的作用。黄河因为泥沙含量高，河床淤积升高，历史上决堤造成的水患频繁，为害中国几千年。三门峡水利枢纽为黄河防洪作出了贡献，也为黄河蓄水发电积累了丰富经验。三门峡水利枢纽建成后，黄河再也没有发生大的水患。
三门峡工程改建后，基本解决了库区的泥沙淤积问题，但是黄河潼关以上段及渭河下游段的淤积问题没解决，对关中平原泄洪排涝影响严重。有没有考虑过简单古老的办法呢？用挖泥船在渭河下游和黄河潼关以上段河道中间挖一深泓，再加上中上游的水土保持做的好，可能完全解决这部分河道的淤积问题；也有可能几年后又淤了，那就再挖么，中国号称基建强国，挖泥就是小菜一碟。水库发电收益应该拿一部分用于清淤，还有挖沙收益也不错，国家财政也应补贴一部分，毕竟三门峡水利枢纽是解决整个黄河流域淤积和水患的重要组成部分。
黃河的治理，從工程技術看比較複雜，水流是兩相流，泥沙對水輪機磨損很大。但黃河總的治理方案並不是很複雜，水土保持是解決泥沙淤積的根本辦法，但短期之內還不會根治。建水庫可以淤積一部分泥沙，當年建三門峽工程願意就是想把沙攔在庫區而實現黃河清，原來計算是幾十年庫區淤完，幾十年後怎辦？要麼築堤，要麼就是挖。後來很短時間庫區就淤完了，才通過改建下洩，下洩泥沙除了入海之外，相當一部分還是淤積在黃河河床上。建國後黃河中下游段的河床也抬高了不少，雖然整個流域的防洪能力通過水庫調蓄有了提高，但黃河多年水量很不均衡，河床抬高留下很大洪水隱患。古代因為沒有大型施工機械，只有不斷築堤；现在有了挖泥船，完全可以而且必须采取挖的方法。