说完北曲来说南曲，和北曲一样，南曲也有散曲和剧曲。不过北曲是散曲早过剧曲，而南曲则是剧曲早于散曲。这是因为先有“南戏” ，然后才有写散曲的，南戏要上台表演，就需要作为唱词的剧曲。北宋末南宋初，也就是12世纪，南方也产生了一种与宋杂剧不同的戏曲：南戏，又叫戏文，又因为产生地在浙江温州，市名温州，县名永嘉，所以又叫温州杂剧或永嘉杂剧。
南戏完全是在表演故事，结构可随故事变化，不象宋杂剧基本由三段构成。南戏音乐以南方流行的小曲、歌谣为主，大概后来受到宋杂剧的影响，也采用唱赚、词调和大曲的部分曲调。南戏虽不讲究宫调，时间久了却也自然形成了集曲成套的规律，曲牌联接已形成一定次序。在南戏的舞台上，一般角色也可歌唱，因此便有独唱、对唱、合唱等各种形式，音乐的路子显得开阔了。如今可见到的最早的南戏《张协状元》一剧，据考证是南宋早期的作品，故事情节几乎和秦香莲完全一样。
因此可以认为南戏是我国最早出现戏曲。但是南戏诞生之初，剧本结构松散，唱词十分粗俗，曲调又不叶宫商，任意编词，随口歌唱，所以被士人鄙视，上不了大场面，长期停留在乡间草台班的档次。宋政权南渡，政治经济中心南移，艺人和作家集中于南宋的行在临安（今浙江杭州）等城市，遂使产生在温州的南戏，盛行于临安以及浙﹑闽等地区。
元统一中国后，南戏在和元杂剧的交流中，在艺术上有很大发展。南北民众性情有别，北曲的遒劲朴直风格始终未能融合入南方的习俗，所以南曲的兴起也不是偶然的。元中期以后，南戏反而逐渐流传至北方大都（今北京）等地，赢得观众，于是文人介入南戏的写作。这些作品现存的有《宦门子弟》 、《小孙屠》等，可惜这些作品结构不紧凑，故事也不精彩，文笔更是缺乏文采。与此同时文人开始用南曲曲牌创作散曲，据《录鬼簿》记载，南曲这个名字就是这时出现的。元末高则诚创作了南戏剧本《琵琶记》，南戏才开始登大雅之堂。《琵琶记》故事情节大体和《张协状元》相同，不过改为大团圆结局，男女主角分别叫蔡伯偕（蔡邕）和赵五娘，剧本结构、人物刻画、曲辞语言等在艺术上是《张协状元》不能相比的。此后，出现被称为南戏四大名剧的《荆钗记》 、《白兔记》 、《杀狗记》和《拜月亭》。《荆钗记》写南宋状元王十朋和妻子钱玉莲悲欢离合故事；《白兔记》写五代后汉高祖刘知远的妻子李三娘受尽人间折磨终于出头的故事；《拜月亭》写蒙古侵金时蒋世隆、王瑞兰颠沛流离的生活和爱情遭遇；《杀狗记》写市民孙容之妻设杀狗计劝说丈夫珍惜兄弟之情断绝匪人之交的故事。
南戏的声腔开始是在民歌的基础上形成的，海盐腔、余姚腔、弋阳腔、昆山腔合称为南戏四大声腔，初期海盐腔是南曲主腔。南戏音乐有如下一些特点：南戏唱腔称南曲，曲调属五声音阶，多平稳进行，有其惯用的特性音调，形成南曲唱腔绵密柔丽的特色；唱词用韵基本上以当时江浙一带语音为标准，有平上去入之别，每套曲牌不限一韵；每出每套皆不限一种宫调，节奏规整舒长，字少腔多。最初的南戏是载歌载舞的民间小戏，连接若干首民歌加以歌唱，进入城市之后，广泛吸收传统音乐的有益成分，迄于成熟。当年南戏发展的历程和二十世纪上半叶越剧从偏僻小地方，浙江嵊县未成气候的“的笃班”，最后走向全国，成为一大剧种十分相似。
王国维统计南戏的260多首曲牌，出于唐宋词调的190首，出于大曲的24首，出于金诸宫调的10首，出于南宋唱赚者10首，与元杂剧相同者13首，其他17首，可见词调在南戏中所占的重要地位。早期的南戏南北曲的曲牌不能出现于同一套曲内，元中叶以后，这一成规渐被打破，南戏开始兼用北曲。
南北曲的曲牌混用有以下三种情况：早期只在一套南曲中穿插上一两个北曲的曲牌。如元中叶创作的南戏《小孙屠》第14出中插入北曲《端正好》、《脱布衫》两个曲牌；后来又将北曲曲牌与南曲曲牌依次相间联成一套的，剧曲如《荆钗记 男祭》所用的《北新水令》、《南步步娇》 、《北折桂令》 、《南江儿水》等一套；散曲如元代贯云石的《西湖游赏》中所用《北粉蝶儿》 、《南泣颜回》 、《北石榴花》 、《南泣颜回》 、《北斗鹌鹑》 、《南扑灯蛾》一套 ；也有在全剧的多套南曲之间，夹用一出整套的北曲，如《宦门子弟》第12出中除插入南曲1支《四国朝》 、4支《驻云飞》外，基本是用了《斗鹌鹑》 、《紫花儿序》 、《金蕉叶》等10支一套完整的北曲。