周末闲谈-病毒自杀 zillos2021-11-12 19:03:41
序：新冠病毒SARS-CoV-2是一种RNA病毒，大约有29903个核苷酸。可以分成29（或31）个不同功能的蛋白（见下图），有4个表示病毒结构（模样）的蛋白，16个非结构蛋白（酶），9（或分成11）个辅助蛋白。RNA病毒的特点是不稳定，在传染的过程中核苷酸序列会发生改变或丢失。
W：新冠病毒SARS-CoV-2导致的新冠肺炎COVID疫情已经快两年了，还没有要消失的迹象。病毒能不能自杀？疫情能不能像SARS那样彻底消失啊？
C：萨斯-SARS大概是 2002年11月16日在中国广东被发现的，后来传到了31个国家/地区，到2003年6月全球就没有新病例了，7个月就结束了。那时还没有疫苗，也没有药物，为什么消失了？2004年“中国 SARS 分子流行病学联盟”在《科学》上发表论文：“中国 SARS 流行过程中 SARS 冠状病毒的分子进化”，他们用 SARS 流行的早期、中期和晚期的 61 个 SARS 冠状病毒基因组序列与来自果子狸的两个病毒序列一起进行了分析。发现在病毒基因组的 ORF8 辅助蛋白有29个核苷酸缺失。即在病毒传染过程中，病毒的部分核苷酸缺失导致其传染力下降，也就是说病毒“自杀”了。
这是一个很有趣的现象，也引起了大家的关注。在网上搜索“ORF8 Δ29”可以找到很多文章。直到2018年几位德国学者还在《自然-科学报告》上发表论文讨论：“在人与人之间传播的早期，SARS 冠状病毒中的 29 个核苷酸缺失导致复制减弱”。
SARS-CoV-2也是新冠病毒，会不会奇迹再次出现？
2020年初新加坡科学家发现SARS-CoV-2的基因序列也出现了缺失，他们在《柳叶刀》上发文介绍他们检测到病毒的基因序列有382个核苷酸缺失。后来，他们检索至2020年7月27日的文献，找到一名2020年2月从武汉返回台湾的旅行者报告了 ORF8 中有 382 个核苷酸缺失，孟加拉国（345个核苷酸）、澳大利亚（138个核苷酸）和西班牙（62个核苷酸）也描述了 ORF8 出现缺失。
但是，奇迹没有再次出现，病毒越传越凶。
W：上个月，日本学者井ノ上逸朗（Ituro Inoue）教授认为日本第五波新冠疫情在突然下降是病毒自杀的结果。
L：井之上是在日本一个学术年会上演讲的。日本网络媒体报道后中文网络媒体介绍的很多。但一直没有等到论文。媒体引述井之上说：病毒中非结构蛋白nsp14的A394V（或称ORF1b: A1918V；也称 C19220T）变异导致病毒感染者越来越减少。
从基因数据库的数据分析和日本新潟大学的预印本论文看，这一波日本疫情流行的病毒谱系是Delta变体B.1.617.2中的AY.29。Delta变体B.1.617.2是当前全球流行的主流，目前在152个国家/地区有报告。今年，中国境内的多地多次疫情也是Delta变体B.1.617.2序列引起的。但是，Delta变体B.1.617.2中还有一百多种子变体。日本的这种叫B.1.617.2.29 或 AY.29，算是日本独有，其他国家的不到1%。美国的子变体则是多样的：B.1.617.2.13，B.1.617.2.14，B.1.617.2.35...。这次中国流行的病毒基因序列没找到，从蒙古国公布的基因序列分析，或流行病调查显示不是日本这种子变体。nsp14的A394V变异导致病例数下降还需要进一步探索。即便一个国家/地区的病毒自杀对全球的疫情影响也不大。
Z：Delta变体本身也有核苷酸缺失，例如S刺突蛋白的E156del（缺失）、F157del和R158del，也未见毒性减弱。
X：11月6日呼和浩特市官方表示，“呼和浩特市已于10月27日完成本次疫情3个确诊病例样本的病毒基因测序，结果显示，本次新冠肺炎确诊病例为‘21A—德尔塔毒株’”。呼和浩特疫情也是从边境的阿拉善盟额济纳旗传过去的。21A是GISAID/Nextstrain的分类方法。21A的ORF8蛋白里只有D119-和F120-两个缺失，远达不到自杀的程度，况且两种SARS的ORF8差别又很大。疫情还是要靠治疗和阻断传染途径双管齐下。根据GISAID数据库的统计，10月末的时候，‘21A—德尔塔毒株’的数据只占当时段总数据的不到1%，但在中国引起了近千人的新病例。
