成立“两案”审判指导委员会
1980年1月25日，第三次全国“两案”审理工作会议召开，根据邓小平“判刑要少，开除党籍、军籍要严”的指示，把第一次会议拟定的108名中央直管干部，减到43人，又减到38人。在彭真主持下，反复审议依法审判的人数。王鹤寿提议，彭真同意，最后报请中央决定，特别法庭只审判10名主犯，其他案犯由各地方法院和军事法院审判。
3月17日，胡耀邦在中央书记处会议上说：我同意王鹤寿同志说的这个案子要多从历史的角度去考虑。判谁不判谁，书记处定不了，报政治局才能定。彭真同志挂帅……
3月19日，中央书记处根据政治局常委的意见，提出审判方案，一、正式确定按“集团”进行审判。二、起诉书、证据要确凿，站得住脚，传到子孙后代也推翻不了。三、从现在起搞好预审，让被告讲话、申辩，从中摸清他们的思想情况，以便有的放矢。四、起诉前起诉书要发给被告，争取被告不仅自己服罪，而且出来作证。五、根据中央的建议，成立“两案”审判指导委员会，由彭真、彭冲（中央书记处书记、中央政法委第一副书记）担任正副主任，江华（最高人民法院院长）、黄火青、赵苍壁（公安部部长）及王鹤寿、杨得志（总参谋长）等同志参加。六、组织特别法庭进行审判，针对这些案犯掌握党和国家的最高机密，不公开审理。4、5月准备，6月初审判，7月底五届人大三次会议前结束。开庭审判时发一条简讯，审判后公布结果。由各界人士担任审判员。林彪案由军事检察院起诉，江青案由最高人民检察院起诉。怎么审判，中央书记处再讨论一次，交政治局审定。 “两案”审判指导委员会最终确定七人：彭真、彭冲、伍修权（总参副总长、特别法庭副庭长、第二审判庭庭长）、王鹤寿、江华、黄火青、赵苍璧。彭真最后说：“起诉书应当以证据做后盾，以预审做基础。四道程序把关，公检法是三道关，中央领导小组是第四道。现在的起诉书（草稿）不能拿出去，要把罪行列出来。……有不少是路线问题，我们是审理罪行的，路线问题我们管不着，公检法没有资格审查党的路线问题，也不应过问这件事……”
3月30日，全军“两案”审理工作会议召开。林彪案97名被告，其中空军37人。他们羁押时间长，材料分散在中央专案组、中纪委二办、军委办公厅各处，几经易手。经各单位查对，69人被处理出部队，3人下落不明，还有25人仍由部队管理。史进前紧急布置，4月底前形成审判方案初稿。一审终审，拟用“中华人民共和国最高人民法院特别军事法庭”。建议军事法庭由13人组成，拟请杨得志或粟裕（军事科学院第一政委）、韦国清任庭长，史进前等四人任副庭长。审判人员拟在总参、总政、总后、海军、空军选定。拟以最高人民检察院的名义起诉。并由12人出庭支持公诉，建议由黄玉昆任首席检察员，曹广化、于克法（军事检察院副检察长）任检察员，其他检察员也从各大单位选定。林彪案被告拟定25人，一次审理或分两批审，考虑了两个方案。不会公开审理。最后宣布判决时，拟组织万余人参加大会……以上方案，在中央批准同意后，由有关单位报请全国人大常委会做出法律规定任命。
彭真指示：审判指导委员会下面设审判工作小组。这个工作小组既是“两案”审判指导委员会的办事机构，又是中央政法委员会的办事机构。审判工作小组下设两个办公室，凌云（公安部副部长）兼江青案办公室主任，郝苏（军事法院院长）任林彪案办公室主任。中央政法委员会、公安部、最高人民检察院、最高人民法院、总政治部、中纪委二办、司法部、中组部、中宣部、新华社、广播事业局、国务院机关事务管理局，以及各省、市有关负责人联合办公，召集人刘复之（中央政法委员会委员、秘书长）、凌云，后增加洪沛霖（江苏省副省长、江苏省公安厅厅长）。
彭真、彭冲审定审判工作小组成员为：刘复之、凌云、洪沛霖、于桑（公安部副部长）、朱穆之（中宣部副部长）、曾汉周（最高人民法院副院长、特别法庭副庭长）、江文（最高检刑事检察厅厅长、江青案起诉组组长）、冯基平（国务院副秘书长）、史进前、王芳（中共浙江省委副书记）、卫之民（黑龙江省人大常委会法工委副主任）、姚伦（公安部预审局局长）、王汉斌（全国人大常委会法制委员会副秘书长兼办公室主任）、郝苏、王照华（中组部秘书长）、陈卓（司法部副部长、“两案”律师组组长）、穆青（新华社副社长兼总编辑）、高富有（国务院机关事务管理局副局长）。公安部六个预审组，其中第五预审组负责审讯毛远新。
关于法庭独立审判问题的变化
彭真说：在原审查基础上，进一步组织力量预审，准备提起公诉和审判。公安部打头阵，检察院是第二道程序，法院出来就扎实了。起诉书要拿到中央书记处讨论，要报中央常委批准。一定要搞好预审，时间不能搞得过死，以搞好为标准。中央书记处决定：一、现在的“两案”领导小组对案件抓到底；二、中央政法委抓“两案”的程序，要严格按司法程序办事。……司法公正包括实体公正和程序公正，因为当时程序公正尚未有足够的重视，所以才予以强调。
1978年12月22日，中共十一届三中全会公报明确指出：“检察机关和司法机关要保持应有的独立性；要忠实于法律和制度，忠实于人民利益，忠实于事实真相；要保证人民在自己的法律面前人人平等，不允许任何人有超于法律之上的特权。”1979年7月1日，五届人大二次会议通过的最高人民法院起草的《人民法院组织法》，有1954年《宪法》“人民法院独立进行审判”的条款，而同时通过的《刑事诉讼法》却没有。原来为赶上五届人大二次会议上审议，彭真要求平行作业，两个多月中分头拿出七部法律，才出现这样原则不统一的表述。
1979年9月9日，中共中央发出《关于坚决保证刑法、刑事诉讼法切实实施的指示》，再次明确要求“切实保证人民检察院独立行使检察权，人民法院独立行使审判权”，并宣布“中央决定取消各级党委审批案件的制度”。
但实际上呢？1980年4月5日上午，彭真主持召开中央政法委会议，传达中央决定：“两案”审判指导委员会对“两案”从头管到底。需要起诉审判的名单，由审判指导委员会报告中央决定。整个预审、起诉、审判工作，在党中央的领导下，由公安、检察、法院、司法行政机关依照法律程序进行。
7月24日，中央书记处研究“两案”审判，提出我们党历来有一个党委书记说了算的坏习惯，生杀予夺，干扰司法工作，不改掉这个坏习惯，民主和法制就建立不起来。党是要领导一切的，是方针、政策，是支部堡垒作用，不是什么事都亲自领导，下半年要讨论、研究司法工作。8月24日，江华在法院工作会议上说：刑事案件由党委审批的做法应该取消，党委对审判实行领导的做法需要重大改革。
但正像1979年《刑事诉讼法》可以忘记法庭“独立”审判一样，最高领袖说：“宪法是我参加制定的，我也记不得。我们基本上不靠那些，主要靠决议、开会，一年搞四次，不能靠民法、刑法来维持秩序。”“两案”不仅有中央级的审判指导委员会，还有中央级的领导小组。正如特别法庭第二审判庭在审判工作总结中说：“党中央十分重视，中央领导同志亲自抓这项工作。第二审判庭在中央‘两案’审判指导委员会和特别法庭的领导下……顺利完成了审判任务。”张思之说：“两案”审判“倒也算司法不能独立的典范。要是从‘两案’来讨论司法独立问题，可议之处甚多”。
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