到了明朝，南曲日渐成熟，而杂剧则日趋衰落，于是南曲重新北上。嘉靖年间，魏良辅以山东左布政使致仕。退休后他专心致志于南曲，改良了昆山腔，很快取代海盐腔成为南曲主腔，被叫做“官声” ，稍后就称为昆曲。其余声腔由各地地方戏吸收，叫做“杂调”或“乱弹” ，入清以后又分别称为“雅部”和“花部”。魏良辅对伴奏乐器也进行了改革。原来南曲伴奏以箫、管为主要乐器，为了使昆曲的演唱更富有感染力，他将笛、管、笙、琴、琵琶、弦子等乐器集合于一堂，用来伴奏昆曲的演唱，获得成功。明中叶以后，又产生了不少优秀的传世之作，南戏作品也逐渐改称为传奇，如梁辰鱼的《浣纱记》和汤显祖以《牡丹亭》为代表的临川四梦。稍晚的嬗变为明清传奇的南戏作品像《牡丹亭》 、《长生殿 》、《桃花扇》等，就用明代以来盛行的昆腔和其他声腔一直传唱至今，被称为昆曲剧目。南戏音乐的遗响在“花部”中保留更多，比如温州的瓯剧（上世纪50年代前叫乱弹，当时温州还有一种胡调，后来改叫和剧，近年好像已经消亡）和福建的梨园高甲戏几乎可以说是南戏的孑遗。在昆曲和上述一些比较古老的声腔和剧种中，南曲传唱至今，当年的曲牌流传到现在的不少。昆曲剧目中还保存有尚可演唱的元杂剧与明清杂剧，其中一些北曲的唱法，尚有若干元代遗音。笔者年轻时在温州听过乱弹和胡调，恐怕现在已成绝响。
北曲和南曲虽然都是曲，但是有很多不同，决不能混淆。
首先，在宫调上是有区别的。北曲有六宫十一调，共十七调 (正宫，中吕宫，道宫，南吕宫，仙吕宫，黄钟宫，大石调，双调，小石调，歇指调，商调，越调，歇指角调，商角调，越角调，般涉调，高平调)。南曲中则只有十三调 (正宫，中吕宫，南吕宫，仙吕宫，黄钟宫，大石调，双调，小石调，歇指调，商调，越调，般涉调，羽调)，清代传奇常用的宫调不过九调 (正宫，中吕宫，南吕宫，仙吕宫，黄钟宫，大石调，双调，商调，越调)而已，叫做五宫四调或九宫。北曲用七音阶，声调遒劲朴实，以弦乐伴奏；南曲用五音阶，声调柔缓婉转，以箫笛伴奏。
其次，采用的韵部不一样。当然无论北曲或南曲开始都是习惯地用北方和南方当时当地的语言音韵，并没有通用的专门韵书。元代泰定元年（1324）秋，周德清撰《中原音韵》一书，分19个韵部，没有入声，平声分阴阳，后来就被奉为北曲之韵书。《中原音韵》把入声分别归入阳平、上声和去声，通常叫入派三声。注意入声没有派入阴平的，这和普通话中也把入声派入阴平不同。南曲到洪武八年（1375），乐韶凤等奉旨编成《洪武正韵》一书。分为阴声韵、阳声韵22部，入声韵10部，共32部，保留全浊声母，能代表当时的南方语音，此后南曲作者几乎都遵从这部韵书。
第三，曲牌各异。《康熙曲谱》（又叫《钦定曲谱》）包含北曲谱四卷，南曲谱八卷，各不相杂。北曲和南曲也有同名曲牌，例如《耍孩儿》，北曲九句，用于套曲。南曲七句，用于带过曲。按照惯例，凡同名曲牌南曲应该标明“南”字如“南中吕”，以和北曲区别，北曲则不用标注，直接写“中吕”“正宫”就可以。通常南北曲做套数时不能混用南北曲牌，除非南北合套，此时要逐一标明每个曲牌的南北，如上面所举《荆钗记 男祭》中的剧曲和贯云石的散曲《西湖游赏》都是这样。
第四，组成套曲的要求不同。北曲套数必须同一宫调，一韵到底，南曲可以用不同宫调的曲牌组成套曲，而且允许换韵。
第五，曲是可以衬字的，但衬字多寡北曲和南曲明显两样。北曲衬字相当多，剧曲更加如此，衬字比正文字数更多的为数不少。南曲则衬字少，有“衬不过三”的说法。