清朝同治二年七月二十五日（1863年9月7日），朱志尧出生于上海南市董家渡。受天主教洗礼后取教名“尼格老”（Nicolas）。早年朱志尧就读耶稣会在上海徐家汇创办、二舅马相伯担任校长的徐汇公学，学习法语和自然科学。1880年代曾数次作为随员随舅父马相伯、马建忠出访欧美。1882年，朱家遭遇风灾和火灾，沙船业和钱庄均遭受重大损失，父亲朱朴斋一病不起。于是朱志尧开始从商，担任沙船上的“耆民”（经理）。1886年，三舅马建忠任轮船招商局总办，1888年介绍朱志尧担任江天轮（行驶上海、宁波航线）[8]、江裕轮（行驶上海、汉口航线）的“坐舱”（承包人）。由于其表现出色，虽然马建忠于1891年被盛宣怀排挤出轮船招商局，但是盛宣怀仍然留用了朱志尧[9]。其间在1893年，他第9次参加科举考试，考中青浦县附生。
1897年，盛宣怀任命朱志尧为大德榨油厂总办，创办该厂，试制成功新式棉籽榨油机。1898年，帮助筹建法商东方汇理银行上海分行的弟弟朱云佐去世，于是朱志尧由马相伯、马建忠推荐，接替朱云佐出任东方汇理银行买办，次年，东方汇理银行上海分行在上海法租界内正式营业，1911年迁入外滩29号大楼。
戊戌变法时期，朱志尧创办《格致新报》，鼓吹实业救国。1904年，他投资创办求新制造机器轮船厂，厂址在南市黄浦江边（今南浦大桥南侧的求新造船厂）。求新厂在5年内为张謇的大达轮船公司、英商马立斯轮船公司等制造了48艘船舶；1910年研制成功中国第一台新式火油内燃机[10]；并且承建上海外白渡桥以及沪宁铁路、沪杭甬铁路的多座桥梁，业务顺利发展[11]。
朱志尧经营求新厂取得成功后，大举进行扩张，自1905年之后十余年中，陆续创办同昌榨油厂、华商电气公司[12]、北京溥利呢革厂、上海同昌纱厂、申大面粉厂、安徽宝兴铁矿公司等。到1910年，朱志尧的总投资额达到365万元[13]，在买办出身的企业家中仅次于虞洽卿和祝大椿而名列第三位[14]。
朱志尧经营求新厂为他带来了巨大的声望，1905年上海成立城厢总工程局（后改为自治公所），朱志尧当选为议事会33名名誉董事之一。1910年朱志尧被选为江苏咨议局议员。1911年辛亥革命时，他从法租界公董局借来枪支，发起成立董家渡保卫团。上海宣布独立后，他还一度被沪军都督府任命为江南船坞（今江南造船厂）经理。
在第一次世界大战中，由于钢材价格暴涨，求新厂出现经营亏损，所欠东方汇理银行的近400万元债务无力偿还，资不抵债，几经交涉，在1919年8月27日宣布求新厂“中法合办”，其中法商60万两，中国官股50万两，朱志尧商股10万两，但是官股和朱氏商股均由东方汇理银行代垫。
朱志尧失去求新厂以后，将经营重点转向航运业。1923年，他创办大通仁记航业公司，专驶上海至扬州航线。1927年退出东方汇理银行后，1928年与幼弟朱季琳合办合众航业公司，专开连云港航线。1930年，再在王家码头南侧创立合众码头仓库公司，开辟阜宁航线。这3个航运公司经营苏北航线，都取得了成功，成为可与大达轮船公司虞洽卿相匹敌的“航运大王”。而华商电气公司的业务也取得了巨大成功，供电范围远达徐家汇教会区和浦东，有轨电车的轨道也在南市区继续延伸，盈利颇多。
1937年8月13日，淞沪会战爆发，合众航运公司的轮船大多被政府征用，自沉于江阴、马当等处长江航道，阻挡日军军舰深入内地。大通轮船公司仅有一艘隆大号成功逃往重庆。华商电气公司的发电机、锅炉、电车、电杆、铁轨等设施均被日军拆除出售。朱家在南市的码头和房产全部被毁，朱氏企业因之遭受灭顶之灾。朱志尧本人也被迫离开南市寓所，避居法租界，起初寄居在六弟朱季琳在爱麦虞限路33号（今绍兴路5号）的住所，后来搬往万宜坊（今重庆南路205弄）41号的新式里弄房屋居住。
1945年抗战结束后，朱志尧只能收回合众码头仓库公司、宝兴煤矿及大通公司仅剩的一艘隆大号轮船。1949年5月，隆大号轮船被政府军征用，沉没在黄浦江江海关码头，以阻挡解放军的进攻；在宝兴煤矿的股票也被合伙人设计骗走，仅剩下唯一的产业合众码头仓库公司。1955年，合众码头仓库公司交给新政府经营。1955年3月17日，朱志尧病逝于上海万宜坊寓所，享年92岁。