一、更换中央办公厅办领导人
1965年10月29日上午，周恩来、邓小平、彭真三人约时任中央书记处候补书记、中央办公厅主任的杨尚昆谈话称，根据毛泽东的意见，须立即调动杨的工作。
1965年11月5日，彭真在中央书记处会议上宣布杨工作调动，离京到广东工作。
1965年11月10日，中共中央正式通知，免去杨尚昆中办主任职务，任命中办警卫局局长汪东兴为中办主任，同时，中办机要局局长李质忠提为中办副主任。
1966年6月，国务院副秘书长（兼总理办公室主任）童小鹏调任中办第一副主任兼秘书局局长。
二、整肃军事系统高层
1965年11月15日，军委副秘书长兼办公厅主任肖向荣停职审查。由第一副总参谋长杨成武兼军委办公厅代主任。
1965年12月8日，中央政治局在上海召开解决罗瑞卿问题的常委扩大会议，正在华东的毛泽东亲自主持会议，周恩来、邓小平受命代表中央与罗谈话，会后，罗停止工作。12月29日，中央任命杨成武为代总参谋长。
1966年1月8日，中共中央决定增补陈毅、刘伯承、徐向前、叶剑英为军委副主席。
1966年5月政治局扩大会议期间调叶剑英任中央书记处书记，兼军委秘书长。
三、加强广播事业局安全警卫
1962年10月13日，根据毛泽东，周恩来提议，调北京军区63军政委丁莱夫任广播事业局党组书记，原书记梅益降为副书记。
1966年1月14日，周恩来约丁莱夫、杨成武、徐子荣（公安部副部长）谈广播电台的安全保卫问题。周称，“广播事业局要成立电台安全保卫小组，要从部队调一个现职参谋长专管电台的安全保卫工作”。
1966年3月27日，周恩来在杨成武、王尚荣（总参作战部长）、吕展（北京市公安总队总队长）及丁莱夫等陪同下，检查广播事业局大楼（时局机关与中央人民广播电台、北京电视台均在同一大楼内）的安全警卫情况，指示要制定警卫应急方案、指定应急支援部队、播音室前要有战士守卫、大楼院内不能开门太多、广播剧场不能对外，等等。
1966年3月28日及4月12日，周恩来分别检查了中央人民广播电台位於北京市郊的两个发射台－－双桥491台、沙河573台的安全警卫工作。
1966年4月8日，北京军区63军参谋长王寿仁抵京，5月30日，中央正式任命王寿仁为广播事业局副局长。
1966年5月14日，广播事业局代管北京市台。
1966年5月27日，公安部队司令部作出《关于加强广播电台武装警卫情况的报告》。报告称，年初以来，公安部队对加强重要广播电台的警卫工作采取了很多措施，各地98个重要广播电台普遍加强了兵力。各总队对电台警卫工作均指定专人负责。各重要电台的警卫部队还调整加强了干部，并有营以上干部重点掌握。各省、市、自治区对调动电台警卫部队的权限都作了规定，以防止发生问题。加强了通讯联络，给警卫部队配备了无线电台。
四、成立首都工作组，扩编北京卫戍区
1966年5月15日，组成以叶剑英为组长、杨成武、谢富治为副组长，刘志坚、李雪峰、汪东兴、周荣鑫、郑维山、傅崇碧、万里、苏谦益参加的“首都工作组”，负责保卫首都安全的工作，直接对政治局常委负责。
1966年5月18日，调北京军区63军189师和65军193师来京担任卫戍任务，卫戍区司令员由傅崇碧担任。
1966年5月27日，军委命令，将原属公安部队指挥的首都警卫师、北京市公安总队及63军189师，调归北京卫戍区建制。首都警卫师改称警卫第1师，北京市公安总队改称警卫第2师，189师番号不变。6月15日，军委电示，将24军70师，调归北京卫戍区建制，番号不变。
扩编后的北京卫戍区从一个独立团增至拥有四个师的建制。其中189师为北方甲种师编制，辖三步兵团、一炮兵团和一坦克团共五个团，5月31日至6月6日，进抵北京市郊长辛店、清河、南苑。70师为陆军机械化师编制，是24军以至整个北京军区的主力，辖三摩托化步兵团、一高炮团、一加榴炮兵团和一坦克团共六个团。
五、撤销公安部队番号
1966年2月22日，毛泽东在南方召见叶剑英、杨成武时指示：“撤销中国人民公安部队番号，统一整编为人民解放军。”
1966年5月29日，公安部队整编小组向中央提交《全国公安部队整编报告》。6月7日，军委发布命令称：“遵照毛主席、中共中央关于撤销中国人民公安部队，统一整编为中国人民解放军的决定”，军委决定除北京市公安总队已于5月27日拨归北京卫戍区建制外，其余全部公安部队自7月1日起，拨归各大军区、省军区、上海警备区建制领导，原中国人民公安部队番号撤销。