第三种失佚跟古籍的整理研究有关。古籍整理要求识字断文、正确标点，不是一件容易的事情，因为历史上汉语言文字的变化是很大的。古文研究的基础性工作，首先是东汉许慎的《说文解字》，根据小篆、大篆、古文对汉字的形、声、义做出解释。清朝段玉裁给《说文解字》作注，他的《说文解字注》成为近现代古文研究的标准工具书之一。《说文解字》是存在局限和错误的。许慎说文解字以篆书为基础，没有涉及到甲骨文等更早的文字，离汉字的本源还不够接近。
现代王力先生的古代汉语研究是很杰出的。古代汉语有语法，但是不成文法。王力先生这一代语言学家借鉴西方，建立了汉语的语法体系。古代汉语没有标点，句读主要是读者的事、不是作者的事，而且句读不等于标点符号，有时产生歧义。清末开始从西方引进标点。甲骨文研究展开之后，文字学又有了新的发展。
王力先生主编的《古代汉语》是一部经典，除了说文解字，还涉及语法、标点、音韵以及各种实用古文知识。《古代汉语》最大的优点之一是告诉读者，古文方面，并无通人。《诗》三百篇，难以理解的字句很多，后人就整首诗的意义能达成共识的，三分之一都不到。《论语》为四书之一，历代研究很多，但其中有的字句也很难理解。唐朝王勃的《滕王阁序》是名篇，时间相对晚近，其中宇文、王将军何指，难解。古文断句是个难题，容易出错。现代汉语里面，标点符号是为了方便阅读理解。但是对于古文，在基本理解之后，才能正确标点，所以很难。不光一般读者犯难，连商务印书馆和中华书局这样的古籍出版机构也经常出错。不光今人出错，有时前人的句读就是错的。这些《古代汉语》中都有说明、举例。
《古代汉语》这部书从一九六二年初版到现在已经五十七年了，重印了六七十次，也修改了好些回，但还是有一些明显的错误。这里仅举一例。第二册附录二《汉字部首举例》关于肉部的说法不准确。汉字含月的有两类，明、朝等是一类，含月旁；脊、背等是另一类，属肉部。书中说，古文中肉部“月”中的两短横，本是一点一挑。这个说法是错的。查战国简牍、秦汉隶书、魏晋钟王楷书、唐颜柳楷书，月旁和肉部月的写法没有明显差别，绝大多数中间都写成了平行的两横；少数不平行的有的是月旁，有的是肉部月，明显是由于书者随意。
对于古文，除了无心的误会，还常有故意的曲解，而古人无以自辩。孔子说：“《诗》三百，一言以蔽之，曰：思无邪。”南宋朱熹的《诗经集传》，偏就从诗三百中，读出不少的淫邪来。朱乃硕儒，对《诗》的看法跟孔子本不应有大的分歧。之所以有分歧，是因为他的礼和理，跟孔子不尽一致。他的《四书集注》到底是注解儒家经典，还是兜售自家想法，值得怀疑。学术的生命在于创新，但曲解前人的思想并不是学术创新正当的方式。
话说华夏五千年文明史，不曾中断。但是如果后人对古籍不能正确理解，恐怕不能说完全没有中断。即使没有中断，也有不小的隔膜了。
革故鼎新，“革”字的本义，是去毛的兽皮；只去毛，不是全抛弃。一百年以前，胡适提倡“整理国故”，以现代方法，整理、研究古籍。鲁迅不以为然，认为国家危亡时期，以救亡图存为急务。须知亡国有两种形态，丧失疆土是一种，文化灭绝是另一种。整理国故，非但与救亡图存不冲突，其本身就是救亡图存努力的一部分。社会文化的发展创新以传统为基础，不是建造空中楼阁。整理国故，不但不会妨碍社会文化发展，相反可以温故知新、大力促进。
西方至少从十八世纪就开始引进中国典籍。《孙子兵法》成为美国军方必备图书，并被广泛应用于商业、法律和体育等对抗性行业。整理国故有利于救亡图存，《孙子兵法》是一项铁证。美国最高法院里面有孔子像，反映了孔子思想世界性的普遍价值。哈佛、普林斯顿和斯坦福等大学里面，都有从事中国研究的机构；中国研究就是中国学。中国有从事美国研究的机构；美国研究就是美国学。除此之外，中国还出现了不少的国学研究机构。国学的概念是不恰当的，是一种自我矮化。中华典籍是人类宝贵的文化遗产，具有世界性的普遍意义，并不只局限于中国。《孙子兵法》、《老子》、《论语》等是国学吗？不是的，它们属于普世价值，跟数学、物理、化学一样。
今天我们要了解前人的思想行为、还原历史真相，就面临这重重翳障，有的是知识性的，有的是制度性的，有的关乎学人的态度和道德。只有有意识地破除这些翳障，才有可能取得真知。