表面上，这种时常为外部差距的内在纷争，似乎是民主制度的表现。但实质依然是体系落后且不同人私心爆棚的结果。北洋当局的无助与短命，在很大程度上就有府院之争所体现的永久裂痕。
为了能限制这位新任大总统权力，革命党在下野前搬出了《中华民国临时约法》，并将其定为第一部宪法。根据里面的规定，新政府在表面上以大总统为首，却另有国务总理这个职位。其职权包括内阁成员的提名权。凡是大总统提出的法案和命令，均需得到他的签署才能得以实行。此外，国务总理还可以直接干涉各部总长下达的命令。一旦认为其有碍国政，就可以先行中止，再交给国务会议讨论。
孙中山的这个决策，无疑是要限制处于巅峰期的袁世凯。但从法律角度来说，这种不伦不类的做法实际上是破坏力巨大。因为民国的宪法章程本来就以美国为模板，其原始框架因以总统为最高权力决策者。虽有议会等方面的严格限制，但绝不会竖立两个完全对立的中心。只是局势的变化无常，又让其内容塞入了欧洲式的政治体系。国务总理近乎第二个总统，却无法获得其泰西原版所享有的更高法律地位。结果当然是政府内部两座山头，缺乏行之有效的第三方协调人，并直接进发对立和撕斗。
其次，和很多参照模板不同，中华民国并不具备实行现代议会政治的基础。那些被选入国会的议员，虽然号称是社会贤达与政治干才，其实和地方的普通民众没有什么交集。地方各省的实际权力也都掌握在军头手中。谙熟《三国演义》的他们，又深知挟天子以令诸侯的道理。一旦夺取中央政府的控制权，就会推举一个德高望著的长者担任大总统，而实际权力隐持在担任国务总理的派系大佬自己手里。因此，如果总统府和国务院发生争执，就会导致体系的运作瘫痪。
当时，按约法由副总统黎元洪接任大总统职位。这时推举出的国务总理，则是当时国内实力最强大的皖系军阀领袖段祺瑞。其一贯为人刚毅专横，只关系皖系的自身利益，很快就和大总统产生了尖锐矛盾。段祺瑞又经常自命为北洋正统，是袁世凯的嫡系继承人，看不起被众人合力抬上桌面的元勋总统。
不久，徐树铮又和内务总长发生矛盾，段祺瑞便下令将后者解职。但更替内阁官员的命令需大总统盖印才能够生效，黎元洪便抓住这个机会进行报复。他迟迟不给解职令盖印，引发段祺瑞的反弹。最后还是元老徐世昌亲自出面调解，让内务总长和徐树铮一起辞职，总算做到了府院双方各让一步。
其实，段祺瑞的真实目的争夺盟友贷款，让自己的皖系军阀就获得诸多好处。然后再用贷款买来的武器扩军，从而形成对其他势力的绝对优势。因此，所谓的参战军根本没有涉足欧洲，连次级的亚洲战场都没有参与。但却有大量的民夫苦力被派去做工，白白为自己的个人野心而抛洒青春。
既然总统府与国务院反复扯皮，国会里的议员也就分成总统派和总理派，每日都为宣战问题进行漫长论战。武夫出身的段祺瑞自然非常恼火，甚至出动军队包围议会。甚至发展到殴打和恐吓议员，试图让对德宣战案强行在过关。为了对国会施加压力，他还亲自带着全体阁僚去敦请大总统盖印，试图先造成宣战的事实。黎元洪却施展拖延战术，总是找借口让后者的愿望无法达成
为了继续给国会和总统府制造压力，段祺瑞将各省的督军请到北京召开督军团会议，让军阀们来胁迫手无缚鸡之力的议员。这些人的强势介入，又让议会长矛更加混乱。多名内阁成员都反感这种粗暴操作，主动提出辞职。内阁也因突然缺人，提出暂缓审议宣战案。
就在双方相持不下的时候，一贯拥有良好声望的张勋突然登场。许多人希望他能北上进行调解，让坚持不剪辫子的前朝遗老也看到了希望。他声称自己若想进京调解，黎元洪就必须先解散国会。等到大总统被迫就范，张勋的鞭子军就是反手废除了中华民国政府，宣布拥护前清的溥仪恢复帝位。著名的张勋复辟事件，就因北洋派系的内部扯皮而直接酿成。
但作为直系军阀的大佬，冯国璋与段祺瑞也是天然不和。后者当时自以为有大功于民国，又借到大批参贷款，想趁兵强马壮的机会用武力消灭其他势力。冯国璋却则力主以和平手段进行统一，保留各地军阀的实力以牵制强大的皖系军阀。恰逢护法战争爆发，段祺瑞以中央政府的名义让军队到南方作战，直系的人马就公然拒绝。新任大总统趁机逼段祺瑞下台，造成第二轮府院危机。
按这位不败的国务总理构想，他和冯国璋双双退出职务角逐。改由老将徐世昌出马担任大总统，为持续数年的府院之争最终画上了句号。
任何自有主张的大总统，都难免陷入和军阀派系主导的国务总理之间的纷争。如果是像黎元洪这样没有后台的空头总统，府院之争或许只会造成政治混乱。一旦总统职位由其他军阀领袖担任，府院之争就有可能演变成真正战争。