（六）药叉卫护
尔时，众中有十二药叉大将，俱在会坐，其名曰：
宫毗罗大将，跋折罗大将，
迷企罗大将，頞你罗大将，
末你罗大将，娑你罗大将，
因陀罗大将，波夷罗大将，
薄呼罗大将，真达罗大将，
朱社罗大将，毗羯罗大将。
此十二药叉大将，一一各有七千药叉以为眷属，同时举声白佛言：“世尊，我等今者蒙佛威力，得闻七佛如来名号，于诸恶趣无复怖畏。我等相率皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利，饶益安乐。
那么，当时在宣说药师法门的法会上，会众当中在座的有十二位药叉大将，名字分别是宫毗罗大将、跋折罗大将、迷企罗大将、頞你罗大将、末你罗大将、娑你罗大将、因陀罗大将、波夷罗大将、薄呼罗大将、真达罗大将、朱社罗大将、毗羯罗大将。这十二位药叉大将，每一位都有七千位药叉作为眷属。他们同时出声，向佛禀白说：世尊，我们今天蒙佛的威力，终于得闻了药师七佛如来的名号，由此我们对于恶趣不再有怖畏了，终于得到了救护和依托。我们都彼此同一个心意，直到尽我们的身形、寿命完结为止，一心归依佛法僧三宝。我们发誓会荷负一切有情，给他们作义利，施予饶益和安乐。
随于何处城邑聚落、空闲林中，若有此经流布读诵，或复受持七佛名号，恭敬供养者，我等眷属卫护是人，令脱众难，所有愿求悉令满足。
我们都共同一心作此药师法门的护法，特别地承诺：无论在什么地方，不管是城市、乡村，还是空闲的森林当中，假使有这部药师七佛的经典流布，有人读诵，或者有具信者受持药师七佛的名号，并作恭敬供养的话，我们作为此法门的眷属众，一定会保卫、护佑这个行者，让他脱离各种厄难，一切如法的愿求都让他得以满足。
这就是十二药叉大将偕同他们的眷属，都发愿要作本法的护法。以一个护持的力量，使得行人能脱离内外的各种障难，什么样的愿求，都以这个护持的力量，让它顺利得以圆满。
或有疾厄求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕结我名字，得如愿已然后解结。”
假使遭遇疾病、苦难，想求解脱的人，也应当至心读诵这部药师经，而且用五色的线缕，结出十二药叉大将的名字，等到病苦灾难消除，愿望已得满足的时候，再解开缕结。
尔时，世尊赞诸药叉大将言：“善哉！善哉！大药叉将，汝等念报七佛如来恩德者，常应如是利益安乐一切有情。”
这时，世尊赞叹诸位药叉大将说道：善哉！善哉！大药叉将，你们假使有心要报答七佛如来恩德的话，常常应当这样利益安乐一切众生。
像这样利益众生的缘故，是真报佛恩。
（七）七佛加持
1、少慧诸天，于法起疑
尔时，会中有多天众智慧鲜少，作如是念：“云何过是殑伽河沙诸佛世界现在如来，暂闻名者便获无边殊胜功德？”
当时，药师法会当中有好多天众也在里面听法，但是他们的智慧很少，当然是没有对于不可思议佛境界的认识，更谈不上经验，不免就会起这样的疑念：怎么经过了恒河沙数那么多的诸佛世界，在那里住世的如来，我们在这一边、这么遥远的地方，暂时闻到如来的名号，就能获得无边的殊胜功德呢？怎么可能呢？
这是以距离极为遥远，因行极为微少，而果德却是无有边际的殊胜的功德聚，认为因相与果相不相符合。意思就是，比如药师七佛中的一尊如来，他距离我们的地球，要经过那么多恒河沙数的一个又一个的佛土，在那当中有这尊如来，太远了！远得不可思议。而我们只是耳根暂时闻到此位如来的名号，这个因很简单。起了这样的因，就得到了以思惟测不到边际，或者说即使以菩萨们的智慧，也测不到边际的那么多的非常殊胜的功德，这不可能吧？或者只是作一种惊人的谈论吧？
2、释迦入定，七佛降临
尔时，释迦牟尼如来知诸天众心之所念，即入驚召一切如来甚深妙定。才入定已，一切三千大千世界六种震动，雨天妙华及天香末。彼七如来见是相已，各从其国来至索诃世界，与释迦如来共相问讯。
当时，释迦佛知道天众们心里起的疑念，当即入了名叫“驚召一切如来”的甚深禅定。才入定的无间，一切三千大千世界发生了六种震动的相，从天空雨着妙花和天香末。七佛如来见到这样的相后，各自从自己的国土来到娑婆世界，首先和释迦佛彼此致意、问讯。
实际诸佛如来都是法性身，无不遍入在一切国土当中。那么在众生的观感当中，释迦佛是入了一种叫做“驚召一切如来”的甚深妙定。这个三昧的功用，就能够召请到一切如来，如同发电报一样，信号一发，一切的如来都明知，一召请就会来到会场。当释迦佛才入三昧的这个时刻，所有的三千大千世界都发生六种震动，也就是祥瑞之相。这个“六种”，有所谓的六方震动，东涌西没、西涌东没、南涌北没、北涌南没、边涌中没、中涌边没；还有六种动相，就是动、涌、震、击、吼、爆。而且，天空中自然雨下妙花、很好的香末。
而在这样的一切佛土中，有七佛如来的国土，在那里也现了这样的大地震动，以及雨花、雨香的瑞相。药师七佛如来见到这个相，实际是在召请，也就各自从国土即刻来到娑婆世界，跟释迦如来彼此问讯。这也表明，实际没有距离。
这里要明白，如果就生死心量，或者属于生死这边的凡情的量而言，要越过恒河沙数那么多的世界，非常长的距离，当然根据速度而能算出经历的时间；但是，就法界心或者真心的层面而言，实际没有距离。比如，应身的释迦佛即是法身佛，遍一切处，因此，一切国土、一切如来都在这个法界心当中，因而瞬间能召请一切如来。那么，七佛如来的法界心遍一切处，因此娑婆国土和释迦如来也都在药师七佛的心中，当刻就知道在召请，而且当刻就能现身于娑婆世界，与释迦佛共相问讯。
时佛世尊由其先世本愿力故，各各自于天宝庄严师子座上随处安坐，诸菩萨众，天龙八部、人非人等，国王、王子、中宫妃主，并诸大臣、婆罗门、长者、居士，前后围绕而为说法。
当时，七佛如来现身以后，由前世的本愿力，当众生善缘具足的时候自然现像，也就是每位如来都在以微妙天宝庄严的狮子座上随处安坐。之后，在非常多的菩萨众，以及天龙八部、人非人等，和人间的国王、王子、中宫妃主，以及大臣、修道阶层的婆罗门，和长者、居士，前后围绕中宣说法要。
七佛如来先世的本愿力就是，曾经以菩提心驱使，发生宏大的普济众生的大愿，此次众生对于修持药师法门的灵力，或者顿速的效应，会有疑虑，而这时得释迦如来的召请，药师七佛的本愿神力加威，自然就会这样现像，给众生来作证明。也就是，召示着当处即是如来，当处如来现身，当处如来说法，当处如来利益众生，只要众生有信心。
3、诸天疑消，会众同赞
时诸天众，见彼如来皆已云集，生大希有，疑惑便除。
那些天众从前智慧很少，对于难测、甚深的如来行境，不免有很多的疑虑，认为这不可能，哪里有这么快，哪里有这么速效，哪里有这么大的功德等等，他们对此有疑作障碍。那么这个时候，七佛如来当即现身，现场已经出来了，那他们就非常地感慨：“这实在是太稀有了！原来是这么灵验啊！”果然如来就在面前。虽然在生死心量当中，要过几个恒河沙数的世界；其实在真心当中，就在面前，信心能感，当即能现。所谓“众生心水净，如来影现中”，信心如净水，当水清净的时候，远在极高处的月轮，也当即现影。因此在这个时候，他们不是听一种理论，或者别人的解说，而是七佛当即出现，他们的疑惑顿时就消尽了。
时诸大众叹未曾有，同声赞言：“善哉！善哉！释迦如来饶益我等，为除疑念，令彼如来皆至于此。”时诸大众各随自力，以妙香华及众璎珞、诸天伎乐，供养如来。右绕七匝，合掌礼敬赞言：“希有！希有！诸佛如来甚深境界不可思议，由先愿力善巧方便，共现如是奇异之相。”尔时大众各各发愿：“愿诸众生，皆得如是如来胜定。”
不仅这时天众解除了疑惑，在场的大众都惊叹从前从未见过这样的事情。他们都异口同声地赞叹说：好极了！好极了！释迦如来饶益我们，为了遣除我们的疑念，就召请药师七佛都莅临现场了。
当时，大众各随着自己的力量，以微妙的香花、众多的璎珞、美妙的诸天伎乐，以供养如来。情不自禁地以信心和恭敬，人人都右绕七佛如来七匝，双手合掌作礼敬，赞叹说：实在稀有！实在稀有！诸佛如来甚深境界，超出思惟和语言的行境，根本不是我们的语言分别所能够测得到的。七佛如来由先世的愿力、善巧方便，应着我们善缘众生，为了使我们发出真正的信心，当下就共同现出这么奇异的相。那时候，大众都各各发愿：愿一切众生都得到像这样的如来的殊胜妙定！
以上就是释迦佛和药师七佛，他们合作演了一场戏。通过这种表演，来显示出诸佛的智慧和本愿的神力，的确完全都在众生心中，而众生只要具有信心，确实佛就在身前，就在心中。一念信心，就已经超过了恒河沙数的佛土的距离；一念信心，就已经与药师七佛心心相应；一念信心，只是暂闻七佛如来的名号，实际上诸如来的愿力已经在心中发生作用，而能够受用到药师七佛如来累劫大愿大行所成就的无量功德果实。以这种不可思议的佛力的加被，在我们心上引发出无有边际那么多的殊胜的功德，因而，这样深信以后来修持药师法，那真的就是持一名、礼一拜、供一香等等，都将得到无边的利益。
4、文殊请法，七佛说咒
尔时，曼殊室利即从座起，合掌恭敬，绕佛七匝。礼双足已，白言：“世尊，善哉！善哉！如来定力不可思议，由本愿力方便善巧，成就众生。唯愿为说大力神咒，能令来世薄福众生，病恼所缠，日月星辰所有厄难，疫病怨恶，及行险道遭诸恐怖，为作归依，令得安隐。
当时，文殊师利菩萨见到药师七佛现了殊胜的相，在这个当头，他就从座位起身，双手合掌，恭敬地旋绕药师七佛七匝。头面顶礼诸佛的双足后，这样启白说道：世尊，善哉！善哉！如来的定力超出语言和思惟的行境（也就是，以分别心的推理、语言的表述，根本没办法想到、说到如来的甚深妙定的威力）。那么，药师七佛由往昔发大愿，如今实现的神力，就应着众生的善缘，无分别、无造作中，以极度的方便善巧，来成就众生。这其中，如来在光中化出神咒，就是诸佛的智慧身本身的一种现相，它能够使得众生以极简易的方便，而能达成离苦得乐的效果。因而，唯愿诸佛为众生宣说具大威力的神咒，能使得这个世界将来时代福德薄少的众生，当他们在病苦的缠绕中，或者世上发生日月星辰变异的各种厄难，或者世上流行瘟疫，遭逢怨敌、恶事，行走于险道，遭诸恐怖的这些时候，能够给众生作依怙、作归命处，使得他们能依这个神咒的力量，而得到安稳。
这里“为作归依，令得安稳”，就是众生业不清净时，见不到如来的色身，然而神咒即是如来的智慧身，当他遭遇苦厄、恐怖的时候，心中持念此咒，就已经归投依靠了如来。而以持此咒得佛神力加持，使得远离灾厄、横死等等，顿时得到身心的安宁，不再恐怖、慌乱。
彼诸众生于此神咒，若自书、教人书，受持读诵，广为他说，常蒙诸佛之所护念，佛自现身，令愿满足，不堕恶趣，亦无横死。”
那些有信心的众生，假使对于这个神咒，自己书写、教人书写，受持此咒，读诵此咒，广大地为他人解说，作这样的相应的法行，就能恒时得蒙诸佛的护佑、忆念，也就是常常在诸佛的观照中、加持下。当他如此作相应法行的时候，自然能感得诸佛现身其前，使得他的愿望得以满足。也就是，以作诸法行与佛相感的话，虽然眼睛见不到，但实际正在这样地起信心、作法行的时候，诸佛就在他的心中。以无障碍的智慧力、慈悲力，以及以各种方式在加被着他，使得他一切现生、来世的如法的愿望，顺利地得以圆成。他将不会堕入三恶趣，也没有横死现象。也就是，本来以末世众生自身的业力，当某一种恶业成熟的时候，就会发生这些灾厄，即将堕入恶趣，或者发生悲惨的横死的状况；由于这样持咒得佛护念的话，就能遮退诸业，回转灾厄。
时诸如来赞曼殊室利言：“善哉！善哉！此是我等威神之力，令汝劝请，哀愍众生，离诸苦难，为说神咒。汝应谛听，善思念之，我当为说。
当时，药师七佛赞叹曼殊室利说：你的请问很好的！这是以我等诸佛的威神之力加被着你，使得你发起劝请之心，哀愍末世世间的众生，处在灾难中，无力自拯，这时为他们能迅速脱离苦难，请我等演说神咒。应着你的这种好心，我们要说神咒，你要认真地谛听，而且谛听后好好地思惟，忆念这个大威神咒的不可思议的妙义。
曼殊室利，有大神咒，名曰如来定力琉璃光。若有男子、女人，书写读诵，恭敬供养，于诸含识，起大悲心，所有愿求，皆得满足。诸佛现身而为护念，离众障恼，当生佛国。”
曼殊室利，有一种大神咒，名字叫做“如来定力琉璃光”。如果有男子、女人发起了信心，来书写这个咒，读诵这个咒，恭敬供养这个咒，而且，对于无量的具心识的苦难众生，起了想拔苦的大悲心。他有这样的信心和悲心作为内因，来引召佛力的话，那当然这一切是畅通无阻的，所有的愿求，都能以佛力的加被得以顺利地圆满。也就是，当他有这样的信心和悲心的两大善心，没有疑惑和害心的障碍，那当然与药师七佛想迅速利益众生的悲心相应。而且，依神咒门作法行的话，能迅速地与诸佛的心相通，因而就能召感诸佛现身在他的面前，而时刻不离地护念、加被他，使得他脱离众多障碍的恼乱；将会有佛力的护送，或者佛力的冥冥中的支持，而能生到佛国。
时七如来以一音声，即说咒曰：“
但侄他 具继具继 ?尼继腻呬 末底末底 馺?怛他 揭多三摩地 頞提瑟耻帝 頞帝末帝 波例 波跛输但你萨婆波跛 那世也 ?睇勃图 嗢答继隖謎矩謎 佛铎器怛罗 钵里输但你 昙謎昵昙謎 謎噜謎噜 謎嚧尸朅囇 萨婆哥罗 蜜栗睹(丁庚)尼婆喇你 ?提苏?睇 佛陀 頞提瑟侘泥娜 曷?叉睹謎 萨婆提婆 三謎頞三謎 三曼捼(奴和切)汉囒睹謎 萨婆佛陀 菩提萨埵 苫謎苫謎 钵喇苦曼 睹謎 萨婆伊底隝波达婆 萨婆毗何大也 萨婆萨埵者?囒泥?囒泥(去) ?囒也謎 萨婆阿舍薜瑠璃也 钵唎底婆细 萨婆波跛 差杨羯囇 莎诃。”
应曼殊师利菩萨的启请，因缘满足的时候，七佛如来大畅本怀，他们以同一音声宣说这不可思议的神咒。
此神咒就是如来智慧光明所化出，它就是如来智慧身的一种表现，全体即是药师七佛如来的智慧。
尔时七佛说此咒时，光明普照，大地震动，种种神变，一时俱现。时诸大众，见此事已，各各随力，以天香华、涂香、末香奉上彼佛，咸唱善哉，右绕七匝。
当药师七佛宣说此不可思议神咒的那个时候，流现出光明普照着整个世间界，同时大地发生震动，一时之间俱现了各种各样的为常情所不可思测的神变、现相。那个时候，大众见到这种奇异的现相，自然对于佛力发生信心，知道这是佛力给自己的一个显示，由此就会知道药师七佛的不可思议。而且，当即能发生很大的转动的力量，能以诸佛的威神护佑整个的世间界。那么，以这种信心推动，起了敬仰、归依的心，各自随着自己的能力，以上好的妙香、鲜花、涂香、末香，为表达自己的心意奉上七佛如来。而且，口中不由自主地唱到“善哉！善哉！”恭敬地右绕七佛如来七匝。这都是以诸佛的神力引动众生的善根，从而发生归依之心。
彼佛世尊同声唱言：“汝等一切人天大众，应如是知。若有善男子、善女人，若王、王子、妃、后、大臣、寮、庶之类，若于此咒，受持读诵，听闻演说，以妙香华，供养经卷，著新净衣，在清净处，持八戒斋，于诸含识，常生慈愍，如是供养，得无量福。
当时，这些如来同声这样说道：你们一切人天大众要这样来知道，假使有具信心的善男子、善女人，不管是国王、王子、嫔妃、皇后、大臣、官寮以及庶民之类，如果能够对这个大力神咒受持在心中，口中读诵，听闻，以及广大地演说等等，之后，由于此咒本是如来智慧身，以微妙的香花来供养药师七佛如来的经卷；穿著新净的衣服，服饰很整洁，在清净之处，持八关戒斋，使得身心处在洁净的状态，之后，对于诸有情常常起慈愍之心，这样行供养将得到药师七佛的加持，而发生无量的福德。
若复有人有所祈愿，应当造此七佛形像。可于净处，以诸香华、悬缯幡盖、上妙饮食及诸伎乐而为供养，并复供养菩萨、诸天。在佛像前端坐诵咒，于七日中持八戒斋，诵满一千八遍。彼诸如来及诸菩萨悉皆护念，执金刚菩萨并诸释、梵、四天王等亦来拥卫。此人所有五无间罪、一切业障，悉皆消灭，无病延年，亦无横死及诸疾疫。他方贼盗欲来侵境，斗诤战阵，言讼仇隙，饥俭旱涝，如是等怖一切皆除，共起慈心犹如父母，有所愿求无不遂意。”
如果有人有要求愿的地方，对药师七佛具有信心，那应当如何引召佛力的护佑，而使得自己迅速满愿呢？那应当按照这样来做。也就是，要对于药师七佛为主，整个的大的系统作供养，然后，在守持斋戒的状况中相续不断地持咒。这样就能得到药师七佛如来，以及整个体系中的诸菩萨、护法等等的护念、拥护，从而大的方面能够消除五无间罪在内的业障，现前的方面能够消灾免难。
具体的做法是：当我们有所祈愿的时候，先要造立药师七佛的形像，安置在清净之处，作为我们修法的所依。
之后，在缘起上应当行大供养。也就是在清净之处，心缘着药师七佛如来对我们的巨大恩德，因而至心地来作供养。尽我们的能力，在这样的诸佛安住之处，供上很好的妙香，具有很好颜色、形态的妙花，然后在空间上悬挂缯、幡、盖，又供上具有各种妙味的饮食，奏起种种微妙的音乐。这样在色、声、香、味、触五尘的方面，都以上好之物来供养大恩德的药师七佛如来。
在药师法门当中，我们要知道有主、有伴、有外护，因此应当想到，七佛如来安置在此处我们行供养，同时，对于整个药师系统里的诸菩萨、诸天也一并地作供养。
供养以后，将有一个依止的缘起、加持的缘起。也就是在这之后，我们在佛像的前面正身端坐、口诵真言，在七天当中守持八关戒斋，也就是要远离身口意的那些大的恶业，持续地诵满一千零八遍的大力神咒。这意思就是，自身要身端正、口清净没有妄言、心清净守持斋戒，在这种前提之下，去诵满一千零八遍真言，这个力量是不可思议的。相反要知道，假使身不端正，口有绮语、妄语、恶口等的杂染，身心不洁净，持咒不相续等等的话，那个效力上就相差太遥远。
基于这种连续七天身心洁净，持续不断地诵持真言，那将感召到药师七佛如来，以及药师系统里的诸多菩萨，全数地来作护念及作加持。而且，执金刚菩萨和帝释天王、大梵天王、四大天王等，也都来拥护这位行者。以自身的信心、悲心，持念如来神咒的大方便的道，同时就有药师七佛如来、诸菩萨、诸天王等的护佑加持。
那么这样自他二力合修，将发生极大的效果。也就是这个人本来有的五无间罪的一切业障都可以除灭，重的杀父、杀母等的罪障都可以除灭的话，那么轻度的业障就不在话下了，因此，来世不会堕落地狱等，受重大的苦报。而且，在现生当中有明显的护佑作用。也就是，他将以此获得长寿、健康，在人生当中不会发生横死，或者遭遇瘟疫、传染病。大的国家上，当遇到他方外国等的侵略，国中的流寇、土匪侵扰，发生各种的战争、斗争，人与人之间的诤讼，关系上的破裂、仇视、敌对，或者国土遭遇饥荒、旱涝、欠收，如是等的怖畏一切都除灭。人与人之间都彼此起了慈心，就像对待父母那样。凡是有所愿求无不称心如意，得以圆满地实现。